我一般这么分：
第一个分区/boot，100M
第二个分区/，根分区大概5G
/var，存日志的，大点，20G以上
/usr，存安装文件的，大点，20G以上
/home，如果用户多就大点，不多就看着来，或者并到根分区下，那样根分区就稍大一点。
/swap，内存128-512之间时，分区为内存3倍，1G以下，2倍，1G以上，1倍。
如果只做网关启用NAT或路由，这个分区可不要，否则会增加读写硬盘的操作，不利于速度。
这些分区你可以建在一个硬盘上，剩下的那个硬盘只分一个分区，分区随便命名，存储你自己需要的工具或者源文件。或者将来如果想把其他的目录分离过去时有扩充的空间。
当然也可以把/var 、/usr、/home之类的分区放到第二块硬盘上，减少对第一块硬盘读写的次数。
一切你认为合理的方式都可以用，即使不合适，也可以随便调换，linux这点比windows强百倍。