❶ 如何在ubuntu上安装lammps
编译安装 需要你有基本的linux操作基础。要不就比较难搞了。
总的来讲:
1.解压 参考tar命令,或者右键选择解压。
2.编译配置 ./configure 参考源代码安装说明。
3. 编译 执行make命令 可以去了解一下gcc的用法。
4.安装 执行make install命令
具体步骤:
以下需要root权限。
-安装fftw
1下载源码包fftw-2.1.5.tar.gz,解压 tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
2 cd fftw-2.1.5.
3 ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu --enable-float
其它选项:
4 make
5 make install
二安装mpich
1下载mpich.tar.gz
2 cd mpich-1.2.7**
3 ./configure --prefix=/opt/mpich-gnu
4 make
5 make install
三编辑/etc/hosts.equiv文件,在其中加入本机主机名(用hostname可以得到),单独一行!
前三步都在root下进行。
下面的步骤都在自己的用户中进行
四安装lammps
1 tar xvzf lammps.tar.gz
2 cd lammps**
3 cd src
4 vim MAKE/Makefile.g++
修改mpich的安装路径
修改fftw的安装路径
(每个都有两处,include前面和lib前面的部分)
# g++ = RedHat Linux box, g++, MPICH2, FFTW
SHELL = /bin/sh
# System-specific settings
CC = g++
CCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -
DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw215-gnu/include -I/opt/mpich-
gnu/include
DEPFLAGS = -M
LINK = g++ -L/opt/mathlib/fftw215-gnu/lib -L/opt/mpich-
gnu/lib
LINKFLAGS = -g -O
USRLIB = -lfftw -lmpich
SYSLIB = -lpthread
ARCHIVE = ar
ARFLAGS = -rc
SIZE = size
# Link target
$(EXE): $(OBJ)
$(LINK) $(LINKFLAGS) $(OBJ) $(USRLIB) $(SYSLIB) -o $(EXE)
$(SIZE) $(EXE)
# Library target
lib: $(OBJ)
$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)
# Compilation rules
%.o:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) -c $<
%.d:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) $(DEPFLAGS) $< > $@
# Indivial dependencies
DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
include $(DEPENDS)
5 make g++ (在src目录下)
生成lmp_g++
四运行lammps
1 cd ../bench
2 /opt/mpich-gnu/bin/mpirun -np 16 ../src/lmp_g++ <in.chain
❷ lammps package 安装完lammps 装可以吗
在默认的情况下,lammps安装了三个标准包, KSPACE, MANYBODY, MOLECULE.
并且可执行文件已经编译好,生成了 lmp_linux可执行文件
在运行bench文件夹中的例子时,发现
lmp_linux < in.lj 可以正常运行
lmp_linux < in.chain 可以正常运行
lmp_linux < in.eam 可以正常运行
lmp_linux < in.rhodo 可以正常运行
lmp_linux < in.chute error,invalid pair style(force.cpp:168)