1. tomcat 下webapps 下文件消失了
你在myeclipse重新启动tomcat的时候tomcat会去重新加载一下你myeclipse里的项目，你项目里没有你你写的html和js css 所以tomcat会清除掉，建议你把HTML和CSS的站点建在项目相对应的位置，然后每次重启tomcat的时候刷新一下项目
2. eclipse中maven项目部署到tomcat以后再webapp目录下找不到项目中的js文件
maven的web项目部署到tomcat有很多方式：
1.打war包复制到tomcat/webapps目录，
2.使用回tomcat-maven插件
3.直接使用servers部署
参考：答http://www.cnblogs.com/guodefu909/p/4874549.html
3. tomcat jsp 调用js乱码
进入Tomcat目录，找到conf文件夹，里面的server.xml 打开 找到
<Connector port="8081" protocol="HTTP/1.1"
connectionTimeout="20000"
redirectPort="8443"
URIEncoding="utf-8" />
URIEncoding="utf-8" 为你的tomcat编码格式版
修改权即可！
4. 为什么我的JSP应用系统在Tomcat中运行时，老是说Tomcat\work目录下的文件找不到类
classp这个变量没有定义,你是不是写错了,认真的检查一下
5. 利用tomcat 运行时调用不到.js文件和.xml文件
项目打包，放在哪都行。在tomcat中载入就可以吧。实在不行，在server.xml中配置下
6. tomcat中关于JSP出现的错误...
估计是没导包..
在JSP页面是否引入了java.util.*这个工具包?
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reference to Date is ambiguous, both class java.util.Date in java.util and class java.sql.Date in java.sql match
这里说,引用的Date这个类不明确,在util和sql包里都有Date这个类,所以,要明确指出所要引入的Date类...
并且,public class SimpleDateFormat extends DateFormat
也将java.text.SimpleDateFormat 引入
估计是这样,你再试试...
7. 请教一个关于tomcat中图片，JS文件，css文件等的配置和引用问题
一般是在与jsp页面目录下新建一个images目录，当然在其他目录也行，只是引用时路径对就行了，如果是再jsp页面那个目录下新建的images目录，则引用路径为：images/图片名，javascript和css一样的道理，不行再hi我！！
8. 通过tomcat不能运行JavaScript代码
JS是客户端代码,和服务器无关,不能运行只能说明你的浏览器的问题,要么版本太低,要么与代码不兼容