怎么用tair网站找序列

⑴ 如何进行青花菜的基因表达与克隆

个体发育的过程实质是不同基因被激活或是被阻遏的过程。在发育的某个阶段，某些基因被激活而得到表达，另一些基因则被阻遏或保持阻遏的状态。对高等动植物，基因的表达与否可通过他的表达产物——蛋白质或转录产物mRNA来推测。以前对植物目的基因的克隆主要是通过已知基因产物的分析和鉴定，通过遗传表型分析或是以图谱为基础的定位克隆。国外对青花菜的分子生物学研究比国内要多，研究重点是与青花菜某些基因相关的信号传导，基因克隆等方面。

Lee B. Smith等利用与拟南芥突变体相关的同源基因对青花菜再生、花的分生组织等进行了研究。认为特殊的等位基因BoCAL-a与花序形态的分离紧密相关，并认为对青花菜凝乳发育重要的两个位点进行PCR检测可用于标记选择。Nigel E. Gapper等（2005年）研究了6-BAP、ACC和蔗糖对青花菜采摘后快速衰老的作用，发现在外源6-BAP存在的情况下，在乙烯的生物合成过程中，与其相关的BoACO减少，而同时BoACS有所增加。采摘后在有外源6-BAP的情况下，BoCP5和BoMT1的量减少而BoCAB则保持稳定，另外编码蔗糖转运器的基因（BoSUC1和BoSUC2）以及编码碳水化合物代谢酶的基因（BoINV1和BoHK1）的表达量减少。结果表明，ACC对6-BAP诱导的BoACS表达的提高有抑制作用，而6-BAP对ACC诱导的 BoACO的表达的提高不起作用。最后的结果就是细胞分裂素在延迟衰老过程中起了重要的作用。细胞分裂素对青花菜采摘后衰老的调控是通过抑制乙烯作用或生物合成。这也为碳水化合物的转运和代谢以及衰老相关的基因的表达提供了一种思路和模型。

国内对于青花菜基因表达的研究主要集中于雄性不育的相关基因方面。张国裕等（2006）对青花菜快速碱化因子RALF（Rapid Alkalinization Factors）基因进行了研究。他们以一个与甘蓝显性核不育相关的差异表达片段序列为信息探针，在NCBI与TAIR网站数据库中进行同源EST序列搜索，经人工拼接、RT-PCR克隆与序列分析验证，获得了青花菜快速碱化因子RALF基因的cDNA全长序列，并命名为BoRALFL1（GenBank序列登录号DQ059310）。该cDNA全长240 bp，编码79个氨基酸，与电子克隆获得的序列完全相同。序列分析表明，编码蛋白存在前导信号肽与多个磷酸化位点，与同源基因RALFL8核酸序列在88bp上有82%的一致性，推导的氨基酸序列在74个氨基酸上存在56%的一致性，不同植物间氨基酸序列N-端差异大，C-端具有较高的保守性。研究表明，RALF是一类多肽激素，不同植物间核酸序列的差异可能暗示了它们是整个RALF多基因家族中的不同成员，进化过程中形成的功能专化性可能造成了成员间的序列差异。然而，目前对RALF的试验研究还比较肤浅，据对拟南芥RALFL8的组织表达特异性的研究表明，它为花药高丰度表达，BoRALFL1与RALFL8相似性很高，而且克隆探针来源于与核不育的基因相关。可以推测BoRALFL1与小孢子的发育有关，对BoRALFL1基因的克隆为进一步通过反义或技术研究其在小孢子发育中的具体功能，通过克隆其启动子调控序列融合GFP或GUS基因，研究其时空表达的特异性奠定了基础。

另外，张国裕等（2006）还对青花菜雄性不育相关基因BoDHAR进行了相关的研究，同样以一个与甘蓝显性核不育相关的差异表达片段的序列为信息探针，通过在NCBI与TAIR网站数据库中进行同源EST序列搜索，经人工拼接RT-PCR克隆与序列分析，获得了青花菜脱氢抗坏血酸还原酶DHAR（dehydro ascorbate rectase）基因的cDNA与DNA全长序列，命名为BoDHAR，并利用双链接头介导PCR的染色体步行技术（genomewalking）克隆了其上游644bp的5c端序列，所获的BoDHAR基因全长1486bp，存在两个内含子，DNA编码区序列633bp，编码210个氨基酸；序列分析表明：BoDHAR与同源基因AT1G1957011cDNA序列有82.13%的一致性，推导的氨基酸序列有79.16%的一致性；编码的水溶性蛋白存在多个磷酸化位点；5c端上游区存在明显的转录调控序列，半定量RT-PCR结果表明：BoDHAR在可育系花蕾中的表达量明显高于不育系花蕾，在花药中的表达明显高于其他部位。对BoDHAR基因的克隆为进一步通过反义RNA或RNAi技术来研究其具体的功能，通过启动子序列融合GFP或GUS基因确定其表达的部位与时期及阐明其在雄性不育小孢子发育中的作用提供了依据。

⑵ 求教perl大神，如何编写程序把拟南芥数据库中水稻基因组中29个SBP转录因子基因的序列下载下来，谢谢啊

首先拿到转录因子的基因ID，你既然说是29个我想你已经拿到这29个SBP基因的名字了吧。
然后上 msu的Rice网站 以及 拟南芥的TAIR网站 的ftp下载全体蛋白的序列。
具体：
ftp://ftp.plantbiology.msu.e/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
和
ftp://ftp.plantbiology.msu.e/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
然后根据名字自己提取，这个随便什么编程语言都可以做的。

⑶ 怎样找到基因序列（请告诉详细步骤）O(∩_∩)O谢谢

NCBI,若有序列号则直接输入查找。没有可以通过查找物种以及基因名称在NCBI中查找。
步骤：1.打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez
2. 上方有搜索条，默认为PUBMED,打开下拉菜单，选择Gene,在右侧输入"基因名称"AND"物种名称", 点击搜索
3. 如基因序列收录，应该在搜索结果里，找到点击打开
说的比较简单，如你没搜到，可以给我发消息

⑷ 怎么找拟南芥基因启动子序列

晕 看到楼上的几个回答真生气啊 不懂在这瞎说
上TAIR 查找基因号或者基因名字 进入后进入sequence view 找到想要的基因 选择ATG上游2000bp左右的碱基 即是基因的启动子 如不懂加QQ414181542

⑸ araport11 genome 与tair10有什么区别

两者用的基因组序列是一样的，但是Araport11的基因注释比TAIR10更多更全一些。

关于Araport11和TAIR10的比较，在Araport11的官网上由说明。

网页链接

⑹ 在tair网站怎么看一个基因的所有突变体序列

在tair网站怎么看一个基因的所有突变体序列
突变是生物的基本属性，在广义上，突变是指染色体数量、结构及组成等遗传物质发生多种变化，包括基因突变和染色体畸变。一个基因内部遗传结构或 DNA 序列的任何改变，而导致的遗传变化称为基因突变。其发生变化的范围很小，所以又称点突变。染色体的畸变是指由染色体的大段损伤引起的。包括大段染色体的缺失、重复、倒位等。基因突变是重要的生物学现象，它是一切生物变化的根源。连同基因转移、重组一起提供了推动生物进化的遗传多变性。

⑺ 如何在tair强下载nced基因的数据

网站是：，http://www.arabidopsis.org/
1、在TAIR主页，把鼠标放在工具栏“Tools”标签下，滑动鼠标至该标签弹出列表的“BulkDataRetrieval”处，点击该标签。
2、在上一步页面点击蓝色标签“Sequences”，进入“”页面。
3、在上一步页面的“Locus/”文本框输入基因号列表，可以以空格分隔基因号，或每行一个基因号。例如“At1g01010At1g01020At1g01030”。
4、在“Dataset”下拉列表中选择需下载序列的类型。

⑻ 怎样在TAIR网站下载拟南芥膜结合FAD2的蛋白序列

输入蛋白名，然后选protein

⑼ Arashare 拟南芥突变体购买步骤

1. Arashare 网址： AraShare科学--服务条款

订购流程： AraShare科学--使用指南

2. 按照使用指南搜索需要的突变体。

3. 如何确定突变体的插入位点及方向，见使用指南第7条，以SALK 为例:

    SALK 网址-引物设计： T-DNA Primer Design

    SALK网址- T-DNA Express: Arabidopsis Gene Mapping Tool

3.网页打开后如上图所示。红框为基因，箭头代表方向；蓝框为SALK编号，其箭头的位置即大致在基因中的位置，方向为插入方向，可点击，点击后会出详细信息；紫框为search，将在arashare的SALK编号输入，对应的Type为T-DNA; 或者输入基因直接点击。

4.点击编号后，如图。点击紫框中的Seq，即测序的insertion flank sequence, 通过将seq比对对应基因的基因组序列，再结合上述的图示，即可知道T-DNA插入的位置和方向。

根据上述引物设计网址，可设计引物。

SALK T-DNA序列为pROK2载体上的，可在网址中找到。

5. Tair网址

    点击Germplasm,输入SALK 编号；或者点击Gene，输入基因座位号

6.基因座位号中的突变体进入后往下拉即可看见。

7.点击紫框所示链接。

8.框为我们需要的信息。Over！

⑽ 如何使用tair寻找拟南芥突变体，那位大虾帮帮手啊

直接在主页右上角的搜索栏里输入要找的基因，找到后点击进入，往下翻翻页面就会看到一堆salk号，那些就是不同插入形式的突变体。