可以使用ls命令实现这一功能。ls命令是一个非常有用的查看文件与目录的命令，list之意，它的参数非常多。ls命令默认是按照文件名的字母的顺序打印出当前目录的文件及文件夹。
加上-S参数，就可以根据文件的大小进行排序，默认是从大到小的顺序。在此基础上加上参数-r变成-Sr，就可以一自小到大的顺序打印出文件。
一般打印文件时，会加上-l参数，编程-lSr，打印出文件的详细信息，这样就能明确地看到，打印出的文件的大小是从小到大递增的。
⑵ 如何通过gff文件中的exon位置从基因组中提取序列 并把同一个转录本的exon合并起来
你好可以用linux命令，grep抓取exon关键词，根据位置信息，bedtools命令提取序列
⑶ GFF3文件
发表于 <time class="entry-date" datetime="2013-05-22T22:22:12+00:00">2013 年 5 月 22 日</time>
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GFF3的官方介绍： Generic Feature Format Version 3 （GFF3）
GFF3格式文件为文本文件，分为9列，以TAB分开。控制符使用 RFC 3986 Percent-Encoding 编码。比如：%20 代表着ASCII的空格。
9列文件依次是：
1. seqid：参考序列的id。该id的取名不能以’>’开头，不能包含空格。
2. source ：注释的来源。如果未知，则用点（.）代替。一般指明产生此gff3文件的软件或方法。搭清
3. type ：属性的类型。建议使用符合SO惯例的名称（sequence ontology，参看[[Sequence Ontology Project]]) ,如gene，repeat_region，exon，CDS等。
4. start position ：属性对应片段的起点。从1开始计数。
5. end position ：属性对应片段的终点。一般比起点的数值要大。
6. score ：得分，对于一些可以量化的属性，可以在此设置一个数值以表示程度的不同。如果为空，用点（.）代替。
7. strand ：“＋”表示正链，“－”表示负链，“.”表示不需要指定正负链。
8. phase ：步进。对于编码蛋白质的CDS来说，本列指定下一个密码子开始的位置。可以是0，1或2，表示到达下一个密码子需要跳过的碱基个数。
对于其它属性，则用点（.）代替。
9. attributes ：属袜枝御性
一个包含众多属性的列表。格式为“标签＝值”（tag=value）。不同属性之间以分号相隔。可以存在空格，不过若有“,=;”则用URL转义（URL escaping rule），同时TAB也需要转换为“%09”表示。所有以大写字幕开头的标签被保留，用于大众认可的用途，而以小写字母开头的标签则根据自己安排随意应用。
常用的标签有：
ID
Feature的标识。该ID具有唯一性。
Name
Feature的展示名称。Name的值在可视化的时候得到展示。因此，Name可以根据自己展示的需要随意取值。
Alias
Feature的第2个Name。
Parent
指明feature所从属的上一级ID。用于将exons聚集成transcript，将transripts聚集成gene。
Target
指明比对的目标区域，一般用于表明序列的比对结果。格式为”target_id start end [strand]”,其中strand是可选的(“+”或”-“), target_id中如果包含空格，则要转换成’%20’。
Gap
比告岩对结果的gap信息，和Target一起，用于表明序列的比对结果。
Note
文本描述
Is_circular
表明featrue是否为环化的。用于环状基因组序列。
同一个tag如果有多个值，则多个值之间使用逗号隔开，比如：
Parent=AF2312,AB2812,abc-3
Alias=M19211,gna-12,GAMMA-GLOBULIN
能够使用多个值的tag有：Parent, Alias, Note, Dbxref and Ontology_term。
检验GFF3格式文件： GFF3 Validator