A. 生物信息学常见数据格式
fasta 是一种 基于文本 用于表示 核酸序列 或 多肽序列 的格式。其中核酸或氨基酸均以单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。
特征：2部分-- id行 和 序列行 。
> id行以“>”开头, 后跟序列名称&序列描述。有时候会包含注释信息
> 序列行一个字母表示一个 碱基/氨基酸 （A、T、C、G、N (N表示不知道是什么)/20种常见氨基酸）。序列中允许空格，换行，空行，直到下一个“>”，表示该序列结束。
高通量测序（如Illumina NovaSeq等测序平台）得到的原始图像数据文件，经碱基识别（Base Calling）分析转化为原始测序序列（Sequenced Reads），我们称之为Raw Data或Raw Reads，结果以FASTQ（简称为fq）文件格式存储，其中包含测序序列（Reads）的 序列信息 以及其对应的 测序质量信息 。测序样品中真实数据随机截取结果如下图：
特征: 每4行代表一个reads信息
fastq格式是由fasta (记录id和序列) 和QUAL (记录id和碱基质量) 合并而来。fastq文件第三行往往是个+，其实就是和第一行一样都是id。
第四行碱基质量值
碱基质量值（Quality Score或Q-score）是碱基识别（Base Calling）出错的概率的整数映射。通常使用的碱基质量值Q公式[1]为： Q=-10 * log10P 。其中P为碱基识别出错的概率。下表给出了碱基质量值与碱基识别出错的概率的对应关系。
碱基质量值越高表明碱基识别越可靠，准确度越高。比如，对于碱基质量值为Q20的碱基识别，100个碱基中有1个会识别出错，以此类推。
碱基质量值+33(前32个不是单个值)，查表找到对应ASCII码
fastq与fasta文件转换
GFF，全称为Generic Feature Format，主要用来描述 基因的结构与功能信息 ，对基因组进行注释。记录序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息。现在用得比较多的是第3版，即gff3。gff是一个三级嵌套结构。格式文件为文本文件，分为9列，以TAB分开。控制符使用RFC 3986 Percent-Encoding 编码。比如：%20 代表着ASCII的空格。
gff文件一共有9列：
第九列的详解
GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。现在用得比较多的是第2版，即gtf2。gtf文件也是分为9列，前八个字段与GFF相同（有一些小的差别），重点在第九列的不同。
两种文件差异比较：
bam文件和sam文件内容其实是一样的，只是bam是二进制的压缩文件，占内存空间更小。需要通过特定的软件来进行查看。（sam文件可以直接使用 less -S 查看；bam文件使用 samtools view -h xxx.bam | less -S 查看）
SAM（The Sequence Alignment / Map format）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档： http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf
SAM文件由两部分组成，头部区和主体区，都以tab分列。
头部区 ：以’@'开始，体现了比对的一些总体信息。比如比对的SAM格式版本，比对的参考序列，比对使用的软件等。
主体区 ：比对结果，每一个比对结果是一行，有11个主列和一个可选列。
头部区：
@HD VN:1.0 SO:unsorted （排序类型）
头部区第一行：VN是格式版本；SO表示比对排序的类型，有unknown（default），unsorted，queryname和coordinate几种。samtools软件在进行行排序后不能自动更新bam文件的SO值，而picard却可以。
@SQ SN:contig1 LN:9401 （序列ID及长度）
参考序列名，这些参考序列决定了比对结果sort的顺序，SN是参考序列名；LN是参考序列长度；每个参考序列为一行。
例如：@SQ SN:NC_000067.6 LN:195471971
@RG ID:sample01 （样品基本信息）
Read Group。1个sample的测序结果为1个Read Group；该sample可以有多个library的测序结果，可以利用bwa mem -R 加上去这些信息。
例如：@RG ID:ZX1_ID SM:ZX1 LB:PE400 PU:Illumina PL:Miseq
ID：样品的ID号 SM：样品名 LB：文库名 PU：测序以 PL：测序平台
这些信息可以在形成sam文件时加入，ID是必须要有的后面是否添加看分析要求
@PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.0.0-beta7 （比对所使用的软件及版本）
例如：@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.12-r1039 CL:bwa sampe -a 400 -f ZX1.sam -r @RG ID:ZX1_ID SM:ZX1 LB:PE400 PU:Illumina PL:Miseq …/0_Reference/Reference_Sequence.fa ZX_HQ_clean_R1.fq.sai ZX_HQ_clean_R2.fq.sai …/2_HQData/ZX_HQ_clean_R1.fq …/2_HQData/ZX_HQ_clean_R2.fq
这里的ID是bwa，PN是bwa，VN是0.7.12-r1039版本。CL可以认为是运行程序@RG是上面RG表示的内容，后面是程序内容，这里的@GR内容是可以自己在运行程序是加入的
主体部分介绍：
主体部分有11个主列和1个可选列
FLAG详解： http://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html
例如：想要查看FLAG 99是什么意思：samtools flags 99
CIGAR详解
CIGAR string，简要比对信息表达式（Compact Idiosyncratic Gapped AlignmentReport），其以参考序列为基础，使用数字加字母表示比对结果，比如3S6M1P1I4M，前三个碱基被剪切去除了，然后6个比对上了，然后打开了一个缺口，有一个碱基插入，最后是4个比对上了，是按照顺序的，字母的含义如下
sam/bam文件查看
samtools工具： http://www.htslib.org/doc/samtools.html
Samtools常用命令的总结：
https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/245/
https://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/6805373.html
参考： sam格式文件解读