multiple文件格式

㈠ multiple whole genome alignment

写在前面 ：在上亿年的进化历程中，基因组经历了大大小小的改变。从小的核苷酸突变、插入、缺失到大的基因缺失、重复、基因组重排和水平基因转移。基因组比对可以通过比对序列中的同源区域，找到DNA中的改变。理解每种改变的速率和模式将有助于了解多种多样的生物学过程。

经过google，高分推荐的multiple whole genome alignment软件有Mavue, Mugsy和Multiz三个。这三个软件都可以通过conda安装。
但相比于conda，源码附带的readme是我们了解这个软件的重要参考，因此我更偏爱源码。

Mugsy是Angiuoli SV和Salzberg SL于2010年，开发的一款用于multiple whole genome alignment 的工具。

特点 ：

文件要求

选项

MAF格式

mugsy 脚本可以完成multiple alignment 的所有过程。
其中，核心程序是：

例子：

选择10个Lp genome，进行预实验，记录时间。

话说好久啊，10个基因组花了3个小时。那我有500多个···

Mugsy安装目录下有转换文件：

MAF格式：

FASTA格式：

把比对信息抽出来，抽成一块一块的，不再是原来摞在一起的：

第一个参数是fasta文件，第二个是单一文件的输出目录

然后传到MEGAX里就可以看了。

Mauve分为原始Mauve算法和progressive Mauve算法。

original Mauve 的劣势：

progressiveMauve算法的优势：

文件格式
输入文件可以是FastA，Multi-FastA或 GenBank。如果 一个文件中有多个序列，即Multi-FastA，Mauve会先将它们合并起来 ，再将合并后的序列和其他序列比对。
选项汪纤

重要参数的默认设置

比对完成后，Mauve会产生多个比对相关文件。下面介绍一下每个文件包含的信息及对应的格式。

.alignment文件以 eXtended Multi-FastA格式存储Mauve产生的比对数据。

XMFA格式中存储了多个共线性块的比对情况，不同共线性块以 = 分割。

每个共线性块中，一个基因组有一条对应的fasta格式的序列。其中，定义行给出这条序列位于基因组的位置和方向（正负链）。

这些共线性块共同组成了基因组比对结果。

Mauve略微改造了下xmfa格式，要求基因组序列中的核苷酸能且仅能出现一次。

.island文件中存储了比对中发现的genomic islands，以tab键分割。

Island指的是比对中一部分基因组有，而另一部分基因组没有的区域。

一个迹郑island由一个序列的基因组坐标定义，其中另一个基因组在比对的那部分中包含长度为n或更长的缺口。缺口的长度n可以人为定义。是不是很拗口，看下例子就明白了。

设定n=5，则称基因组0和2在5-10位置上有个岛
对应的.islands文件中，一行记录一个岛。格式：基因组A➡️岛最左侧在A中的位置➡️岛最右侧在A中的位置➡️基因组B➡️岛最左侧在B中的位置➡️岛最右侧在B中的位置。

第一行记录在基因组0中，核苷酸4至11与基因组1中的核苷酸4至5对齐。
岛的长姿陵颂度=｜(rightA - leftA) - (rightB - leftB)｜。

什么是骨架，支撑性的东西。

.backbone文件存储了在所有基因组中都是保守的比对区域。

保守区域定义为长度大于等于x，期间gap不超过y个核苷酸的alignment片段。

来自第一个基因组的片段[22,256-22,371]分别在第二个[20,147-20,299]和第三个基因组[22,255-22,370]中保守。

跟original mauve不同的是，progressive mauve的backbone文件不再要求在所有基因组中都是保守的， align regions conserved among two or more genomes 。backbone文件按照 seq_0_leftend 列排序。

可以从backbone文件中推出island位置

行和列都是基因组文件，按照输入顺序排序。

0代表没有一个相同的核苷酸，1代表每个位置的核苷酸都是相同的。

记录了SNP模式（按照输入顺序排序）以及SNP在每个基因组中的位置。

第一行列出了4个同源基因，每个基因分别来自一个基因组。0:Z03:2818-3750中：

第2行中，2::2801-3733代表该区域没有注释到的基因，因此没有locus_tag，但是是同源的。

第3行中，基因组1上注释到了两个基因。

第4行中，基因组2上没有注释到基因。

相同的测试文件，Mauve用了大约45分钟。这明明比Mugsy快好吧···

有LASTZ+ Multiz和LAST+ Multiz两种方案。鉴于UCSC用lastz，我就先试试第一种方案。

https://github.com/mcfrith/last-genome-alignments/issues/7

因为用的是UCSC的自动化流程-doBlastzChainNet.pl，所以需要配置一些东西

ucsc上的doBlastzChainNet.pl可以自动完成pairwise alignement的所有步骤，包括partition, blastz, cat, chainRun, chainMerge, net, load, download, cleanup, syntenicNet。最后直接得到可用于Multiz的结果文件。

基因组文件需要先压缩成gz格式，然后再用faToTwoBit将基因组文件转为.2bit格式，用twoBitInfo获取各染色体的信息。

创建一个名为DEF的文件，里面为lastz所用参数。

参数意义详见： http://genomewiki.ucsc.e/index.php/DoBlastzChainNet.pl

为了缩短比对时间，将genome切成了chunk。为了充分利用多核系统，UCSC开发了parasol系统，用于管理任务。
a. 比对前，要先开启parasol

b. 比对中

c. 比对后

最后 BASE/axtChain/target.query.synNet.maf 为结果文件，作为Multiz的输入文件。

合并pairwise的结果：

写在最后：

㈡ 文件格式

文件格式就是文件的类型，实在太多了，举不胜举
主要有几大类回：文本、图片、影音答、程序等
每一大类内部比较容易兼容，但也有的网站为了保护自己的权益，不允许其它软件兼容
文件格式,有很多,简单来说,不同的扩展名,就代表不同的格式,
你可以在,"我的电脑"-->菜单中的"工具"-->"文件夹选项"-->"文件类型",
就可以看到,你文件的格式都有哪些与含义

转换呢,要看什么类型了,如果文本类(*.txt,*.DOC,*.ini)等,都可以word打开转换
如果,*.MP3,*.WAV,等之类,就要用音乐类的软件了,更多,可以去www.googel,com搜搜吧

㈢ file控件选择上传文件确定后触发的js事件是哪个

file控件选择上传文件确定后触发的js事件是onchange事件。

㈣ 扫描图片时出现的这几种格式有什么区别

bmp
MIME类型：image/bmp
固有名称：Windows位图
描述：最常被Microsoft Windows 程序以及其本身使用的格式。可以使用无损的数据压缩，但是一些程序只能使用不进行压缩的文件。

.iff, .ilbm
固有名称：互换档案格式(Interchange file format / Interleave bitmap)
描述：在Amiga机上很受欢迎。ILBM是IFF的图表类型格式，可以包含更多的
图片。

.tiff, .tif
MIME类型：image/tiff
固有名称：标签图像文件格式
描述：大量的用于传统图像印刷，可进行有损或无损压缩，但是很多程序只支持可选项目的一部分功能。

.png
MIME类型：image/png
固有名称：可移植的网络图象
描述：无损压缩位图格式。起初被设计用于代替在互联网上的GIF格式文件。与GIF的专利权没有联系。

.gif
MIME类型：image/gif
固有名称：图形交换格式
描述：在网络上被广泛使用，但有时也会因为专利权的原因而不使用该图形格式。支持动画图像，支持256色，对真彩图片进行有损压缩。使用多祯可以提高颜色准确度。

.jpeg .jpg
MIME类型：image/jpeg
固有名称：联合图象专家组
描述：在网络上广泛使用于存储相片。使用有损压缩，质量可以根据压缩的设置而不同。

.mng
MIME类型：video/x-mng
固有名称：Multiple-image Network Graphics
描述：使用类似于PNG和JPEG的数据流的动画格式，起初被设计成GIF的替代格式。与GIF的专利权没有联系。

.xpm image/x-xpm
固有名称：彩色图象文件格式
描述：在UNIX平台的X Windows System下使用广泛的格式。一种不使用压缩的ASCII格式

.psd
固有名称：Photoshop文件
描述：Photoshop文件的标准格式。有很多诸如图层的额外功能。只被很少其它的软件支持。

.psp
固有名称：Paint Shop Pro文件
描述：Paint Shop Pro文件的标准格式，类似于为Photoshop的.psd 。被很少程序支持。

.xcf
固有名称：eXperimental Computing Facility
描述：具有很多诸如图层的额外特性，主要使用于GIMP，但是也可以被ImageMagick读取。

.ppm
固有名称：Portable Pixmap Format
描述：很简单的图形格式，使用于交换位图。

㈤ mdi是什么格式

MDI扩展名的文件格式是从TIFF(标记图像文件格式)扩展和开发的，因此MDI文件内(微软文件影像格式)基本上容可以说是一个基于标记的图形格式文件。

MDI格式文件是为了印刷而扫描一个电子文档所将其抓换成图形文件(将文字内容转换成图片，便于印刷)，也可以使用OCR(光学字符识别)软件识别出MDI文件中的内容让后将其转换成word等电子文档格式。

(5)multiple文件格式扩展阅读：

如果是SDI应用程序，从CFrameWnd类派生边框窗口类，边框窗口的客户子窗口(MDIClient)直接包含视窗口；如果是MDI应用程序，从CMDIFrameWnd类派生边框窗口类，边框窗口的客户子窗口(MDIClient)直接包含文档边框窗口。

如果要支持工具条、状态栏，则派生的边框窗口类还要添加CToolBar和CStatusBar类型的成员变量，以及在一个OnCreate消息处理函数中初始化这两个控制窗口。

边框窗口用来管理文档边框窗口、视窗口、工具条、菜单、加速键等，协调半模式状态（如上下文的帮助(SHIFT+F1模式)和打印预览）。