A. 如何用NCBI数据库查病毒全基因的背景信息
选择NCBI genome数据库，这个库中收录目前经过测序的所有物种的参考基因组。你只要输入你需要的病毒名称比如HIV，就可以看到这个病毒的全基因组序列。你还可以点击某条序列，进入到详细信息界面，就可以看到这个序列的来源。
B. 怎么用NCBI查询FeSOD基因的蛋白质序列、氨基酸序列和核苷酸序列呢
直接把这个基因进行查询，在不同的模块下就有不同的信息：比如在Gene数据库就会显示geneID，染色体位置信息等。在Nucleotido中就可查到对应的核苷酸序列。其实你任意点进去一个，在仔细找里面的链接也OK。
C. 请教：怎么用NCBI查询新城疫病毒F基因的蛋白质序列、氨基酸序列和核苷酸序列呢
NCBI主页，选gene/protein database，查newcastle F,选择该基因直接连接到其基因网页：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=gene&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=912271&ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Gene.Gene_ResultsPanel.Gene_RVDocSum
核苷酸序列：这个基因网页上，有一项Genomic regions, transcripts, and procts。单击那个NC_002617.1（这个是此gene所在的染色体区域），会有两个nucleotide选项，选择FASTA，就连接到NCBI sequence viewer，显示整个gene的序列。
氨基酸序列：还是这个基因网页，底部有一个NP_071469.1， 点击进去连接到蛋白质网页，最下面就是氨基酸序列
蛋白质序列和氨基酸序列是一样的吧
D. 在NCBI中如何查询基因的功能
知道了名字，在搜索框里输入后可以看到相应的搜索结果，然后点击进去，有个“MIM”（在线孟德尔遗传）就可以看到它的功能。
ORF是开放阅读框，指的是mRNA上编码氨基酸的那段序列，从AUG开始，直到终止子，但是不包括终止子。ORF的数据在进入NCBI主页的右下侧一个叫ORFfinder的超链接里，点击进去后输入相应序列的mRNA序列，然后再点击ORF find就可以预测处它的ORF，但是往往会有很多结果，一般来说第一个结果是真实的，其余的都是假阳性的。
fasta格式指的就是一个大于号开头，后面跟上这段序列的描述，然后另起一行就是数列，给你个例子你就知道了，如下，这就是人类USF1 mRNA的fasta格式
>gi|46877100|ref|NM_007122.3| Homo sapiens upstream transcription factor 1 (USF1), transcript variant 1, mRNA
AAAAAAAAAAA
这就是fasta格式，你可以以TXT的方式保存，也可以以后缀名为.fasta的方式保存，然后以文本文件打开就行了，说白了就是个文本文件呵呵。一般情况下这样就可以了，但是如果用blast2go来做GO分类的话，就必须用.fasta来保存，否则该软件不识别。详细的在NCBI上都有的，自己可以去看。