❶ TCGA数据库中含有的癌症名称,简写和中文名称
Abbr 英文名称 中文名称
ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌
BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌
BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌
CESC Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma 宫颈鳞癌和腺癌
CHOL Cholangiocarcinoma 胆管癌
COAD Colon adenocarcinoma 结肠癌
COADREAD Colon adenocarcinoma/Rectum adenocarcinoma Esophageal carcinoma 结直肠癌
DLBC Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma 弥漫性大B细胞淋巴瘤
ESCA Esophageal carcinoma 食管癌
FPPP FFPE Pilot Phase II FFPE试点二期
GBM Glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤
GBMLGG Glioma 胶质瘤
HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌
KICH Kidney Chromophobe 肾嫌色细胞癌
KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合肾癌
KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌
KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌
LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓细胞样白血病
LGG Brain Lower Grade Glioma 脑低级别胶质瘤
LIHC Liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌
LUAD Lung adenocarcinoma 肺腺癌
LUSC Lung squamous cell carcinoma 肺鳞癌
MESO Mesothelioma 间皮瘤
OV Ovarian serous cystadenocarcinoma 卵巢浆液性囊腺癌
PAAD Pancreatic adenocarcinoma 胰腺癌
PCPG Pheochromocytoma and Paraganglioma 嗜铬细胞瘤和副神经节瘤
PRAD Prostate adenocarcinoma 前列腺癌
READ Rectum adenocarcinoma 直肠腺癌
SARC Sarcoma 肉瘤
SKCM Skin Cutaneous Melanoma 皮肤黑色素瘤
STAD Stomach adenocarcinoma 胃癌
STES Stomach and Esophageal carcinoma 胃和食管癌
TGCT Testicular Germ Cell Tumors 睾丸癌
THCA Thyroid carcinoma 甲状腺癌
THYM Thymoma 胸腺癌
UCEC Uterine Corpus Endometrial Carcinoma 子宫内膜癌
UCS Uterine Carcinosarcoma 子宫肉瘤
UVM Uveal Melanoma 葡萄膜黑色素瘤
❷ tcga数据库样本哪些是肿瘤哪些是正常
答案就在TCGAbarcode,样本标签描述了样本类型,是正常的还是异常的。还是对照组。比如胶质瘤RNAseq的barcode,有174个样本类似于这个:
TCGA-06-0681-11A-41R-A36H-07
TCGA-06-0649-01B-01R-1849-01
第四个字段:11A和01B描述的就是样本类型,1-9是肿瘤,10-19是正常,20-29是对照。A和B我也不知道啥意思。由于TCGAbarcode字段宽度是严格的。因此用substr就可提取
names=colnames(RNAseq_dat)
a=as.numeric(substr(names,14,15))
table(a)
可以看见数据中有5个是正常组织样本
----------------------
Xena网站(网页链接)有整理好的TCGA数据,包括数据集和样本表格。样本表格数据详细,包含生存期,肿瘤分期分级,突变,亚型等等。
❸ 脑胶质瘤症状早期症状有哪些
脑胶质瘤是因为大脑和脊髓胶质细胞癌变所产生的最常见的原发性颅脑恶性肿瘤。其发病率约占颅内肿瘤的35.2%~61.0%,由成胶质细胞衍化而来,具有发病率高、复发率高、死亡率高以及治愈率低的特点。
脑胶质瘤早期的症状
1、精神异常:位于大脑前部额叶的脑胶质瘤可破坏额叶的精神活动,引起兴奋、躁动、忧郁、压抑、遗忘、虚构等精神异常表现,因此精神异常是脑胶质瘤的常见早期症状。
2、视力障碍:颅内压增高时会使眼球静脉血回流不畅,导致淤血水肿,损伤眼底视网膜上的视觉细胞,导致视力下降。
3、单侧肢体感觉异常:位于脑半球中部的顶叶,该部位脑胶质瘤瘤常会导致单侧肢体痛、温、震动、形体辨别觉减退或消失。
4、呕吐:由于颅内压力的增高,致使延髓呼吸中枢受到刺激,从而出现呕吐,呕吐多在头痛之后出现呈喷射状,一般的头痛有别于脑胶质瘤疾病引起的头痛。
5 头痛:性质多较剧烈,常在清晨发作,有时在睡眠中被痛醒,但起床轻度活动后头痛就会逐渐缓解或消失,头痛是所有脑胶质瘤的早期症状中最典型的。
脑部胶质瘤的临床症状可分两方面,一是颅内压增高症状,如头痛、呕吐、视力减退、复视、精神症状等;另一是肿瘤压迫、浸润、破坏脑组织所产生的局灶症状,早期可表现为刺激症状如局限性癫痫,后期表现为神经功能缺失症状如瘫痪。
根据其生物学特征、年龄、性别、好发部位及临床过程进行分析,在病史及体征基础上,采用电生理、超声波、放射性核素、放射学及核磁共振等辅助检查,定位正确率几乎是100%,定性诊断正确率可在90%以上。
❹ 【数据库>>CGGA】CGGA数据库
CGGA :Chinese Glioma Genome Atlas,中国脑胶质瘤基因组图谱计划,发布2000例中国脑胶质瘤样本的功能基因组学数据。包含详细数据信息:
参考链接:
Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA): A Comprehensive Resource with Functional Genomic Data for Chinese Glioma Patients
❺ 脑胶质瘤干细胞库在哪有了干细胞库是不是就能治疗脑胶质瘤了
胶质瘤干细胞库在北京军区总医院附属八一脑科医院一层专家诊室胶质瘤治疗中心。
业界专家有戴宜武、秦家振脑胶质瘤生物刀的综合治疗。但手术后的脑胶质瘤组织对患者一生都是非常珍贵,要很及时的将其送至胶质瘤干细胞库中。
胶质瘤干细胞库被誉为胶质瘤患者的生命银行,通俗的说就是让你的胶质瘤组织为你提供自身的特征——————
❻ 胶质瘤是什么
神经胶质瘤是一种发生在大脑和脊髓中的肿瘤。神经胶质瘤始于神经细胞周围的胶状支持细胞(神经胶质细胞),并帮助它们发挥功能。
三种类型的神经胶质细胞可以产生肿瘤。胶质瘤根据肿瘤中涉及的神经胶质细胞的类型以及肿瘤的遗传特征进行分类,这可以帮助预测肿瘤随时间的变化以及最可能起作用的治疗方法。
胶质瘤的类型包括:
星形细胞瘤,包括星形细胞瘤,间变性星形细胞瘤和胶质母细胞瘤
室管膜瘤,包括间变性室管膜瘤,粘膜乳头状室管膜瘤和室管膜下瘤
少突神经胶质瘤,包括少突神经胶质瘤,间变性少突神经胶质瘤和间变性少突星形细胞瘤
神经胶质瘤会影响您的大脑功能,并根据其位置和生长速度危及生命。
神经胶质瘤是原发性脑肿瘤的最常见类型之一。
诊断
如果您的初级保健医生怀疑您患有脑瘤,则可以将您转介接受过脑和神经系统疾病治疗培训的专家(神经科医生)。您的医生可能会建议一些测试和程序,包括:
神经科检查。在神经科检查期间,您的医生可能会检查您的视力,听力,平衡,协调,力量和反射。这些区域中的一个或多个区域的问题可能会为您的大脑部分可能受到脑肿瘤影响的线索提供线索。
成像测试。磁共振成像(MRI)通常用于帮助诊断脑肿瘤。在某些情况下,可以在MRI研究期间通过手臂的静脉注射染料(造影剂),以帮助显示脑组织的差异。
许多专用的MRI扫描组件(包括功能性MRI,灌注MRI和磁共振波谱)可以帮助您的医生评估肿瘤并计划治疗方案。
其他成像检查可能包括计算机断层扫描(CT)扫描和正电子发射断层扫描(PET)。
测试以发现您身体其他部位的癌症。为了排除可能从身体其他部位扩散的其他类型的脑部肿瘤,您的医生可能会建议进行测试和程序,以确定癌症的起源。神经胶质瘤起源于大脑内,而不是从其他地方扩散(转移)的癌症的结果。
收集并测试异常组织样本(活检)。根据神经胶质瘤的位置,可以在治疗之前或作为切除脑瘤的手术的一部分,用针进行活检。
立体定向穿刺活检可用于难以触及的区域或大脑内非常敏感的区域中的神经胶质瘤,这些神经胶质瘤可能会因更广泛的手术而受损。在立体定向针头活检期间,您的神经外科医生会在颅骨上钻一个小孔。然后将细针插入孔中。通过针取出组织,通常通过CT或MRI扫描进行引导。
然后在显微镜下分析活检样本,以确定其是癌变还是良性的。
活检是明确诊断脑肿瘤并给出预后以指导治疗决策的唯一方法。基于此信息,专门诊断癌症和其他组织异常的医生(病理学家)可以确定脑肿瘤的级别或阶段。
病理学家还将检查您的活检样品的物理外观和生长速率(分子诊断)。您的医生将向您解释病理学家的发现。这些信息有助于指导您制定治疗计划。
治疗
胶质瘤的治疗取决于肿瘤的类型,大小,等级和位置,以及您的年龄,总体健康状况和偏好。
除了去除肿瘤本身的作用外,治疗神经胶质瘤还可能需要使用药物来减轻肿瘤的体征和症状。
您的医生可能开了一些类固醇来减少肿胀并缓解大脑受影响区域的压力。抗癫痫药可用于控制癫痫发作。
手术
手术切除尽可能多的肿瘤通常是治疗大多数类型的神经胶质瘤的第一步。
在某些情况下,神经胶质瘤很小,易于与周围健康的脑组织分离,这使得彻底手术切除成为可能。在其他情况下,肿瘤无法与周围组织分开,或者它们位于大脑中的敏感区域附近,因此存在手术风险。在这些情况下,您的医生会尽可能安全地切除肿瘤。
即使去除一部分肿瘤也可能有助于减轻体征和症状。
在某些情况下,神经病理学家可能会分析外科医生取出的组织样本,并在进行手术时报告结果。该信息有助于外科医生决定要切除多少组织。
可以使用多种外科手术技术来协助神经外科医生在切除肿瘤的同时保护尽可能多的健康大脑组织,包括计算机辅助脑外科手术,术中MRI,清醒脑外科手术和激光。例如,在清醒脑外科手术期间,可能会要求您执行一项任务,以确保控制该功能的大脑区域不受损害。
巴特朗菲教授病例三则
❼ 胶质瘤的症状及护理措施
随着医学技术的慢慢发展,现在对脑胶质瘤的诊断已经变得比较容易了。但是,并不是所有患者都能够在患病的早期及时发现并到医院接受检查,而是在肿瘤体积已经很大时才来就诊。那么,下面我们一起了解下胶质瘤的症状吧。
胶质瘤的症状
1.头痛:大约有30%的脑胶质瘤患者表现为头痛,其中约有70%的人头痛会逐渐加重。这种头痛大多没有特异性,只是呈现间断性,多位于病变的同侧,表现为钝痛而不是跳痛,有时不容易与紧张性头痛相鉴别。大脑胶质瘤通常表现为前额的疼痛,而小脑胶质瘤则多表现为枕部和颈部的疼痛。如果肿瘤过大产生高颅压时,头痛明显加重,有时在睡眠时会被疼醒,并在头部剧烈活动时明显加重,有时还会伴有恶心和呕吐。如果颅内高压持续的时间过长,还会有视力下降的表现。
2.精神改变:大约有15~20%的胶质瘤患者是以精神状态的改变为首发症状,主要表现为情绪、人格、认知功能、记忆力等方面的变化。
3.局灶性神经症状:肿瘤位置的不同还可以引起相应的神经缺失症状,如肢体的瘫痪、感觉障碍、失语、步态不稳、失读和失写等症状。
4.颅神经症状:不同的颅神经受损会产生相应的神经症状,如视力下降、复视、眼球斜视和面瘫等。
5.癫痫发作:大约有1/3的脑胶质瘤患者表现为癫痫发作,并且在疾病的发展过程中,发生率增加至50~70%。其中,有一半的癫痫为局限性发作,而另一半为全身性发作。生长缓慢的低级别胶质瘤特别容易引起癫痫发作,而胶质母细胞瘤引起癫痫发作的几率就很低。
胶质瘤的护理措施
1、对患者要热情关怀和疏导,做好心理康复工作,消除患者的拒治情绪和绝望心理,提高战胜疾病的信心,使消极心理状态转化积极主动治疗的心理状态,从而增强免疫功能。
2、进食以富含蛋白质且易消化为原则,多吃蔬菜水果,忌食肥甘厚味。这是脑胶质瘤饮食护理的一个方面。
3、保护呼吸道通畅,及时清除分泌物,定时给氧,有条件时可用高压氧仓给氧。
4、尽量避免咳嗽、喷嚏、干呕,注意保持大便通畅。
5、对呕吐严重,应注意输入能量合剂和生脉注射液;长期卧床者,应注意褥疮护理。
6、放疗期间应密切注意患者的病情变化,警惕有无脑水肿和脑疝的发生。
胶质瘤患者适宜吃的食物
1、芦笋
芦笋是一种抗癌很好的食物,据北京三博脑科医院江涛教授称,芦笋具有调节机体代谢,提高身体免疫力的功效,在对高血压、心脏病、白血病、血癌、胶质瘤、等的预防和治疗中,具有很强的抑制作用和药理效应。
芦笋嫩茎中含有丰富的蛋白质、维生素、矿物质和人体所需的微量元素等,另外芦笋中含有特有的天门冬酰胺,及多种甾体皂甙物质,对心血管病、水肿、膀胱炎、白血病均有疗效,也有抗癌的效果,因此长期食用芦笋有益脾胃,对人体许多疾病有很好的治疗效果。
2、薏米
最新的医学数据显示,薏米一种抗癌药物,初步鉴定,它对癌症的抑制率可达35%以上,尤其对于大脑疾病。薏米还是补身药用佳品。据最新的医药部门化验分析,薏米含丰富的蛋白质、脂肪、糖类。与猪脚、排骨和鸡一起炖,是一种滋补食品。夏天可以用薏米做“冷饮”是很好的消暑健身的清补剂。薏米的种仁和根又能入药治病。
3、膳食食物
“膳食”纤维主要包含哪些食物,糙米和胚牙精米,以及玉米、小米、大麦、小麦皮(米糠)和麦粉(黑面包的材料)等膳食纤维之粗粮杂粮杂粮;此外,根菜类和海藻类中食物纤维较多,如牛蒡、胡萝卜、四季豆、红豆、豌豆、薯类和裙带菜等。膳食纤维是植物性成分,植物性食物是膳食纤维的天然食物来源。膳食纤维在蔬菜水果、粗粮杂粮、豆类及菌藻类食物中含量丰富。
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