我一般這么分：
第一個分區/boot，100M
第二個分區/，根分區大概5G
/var，存日誌的，大點，20G以上
/usr，存安裝文件的，大點，20G以上
/home，如果用戶多就大點，不多就看著來，或者並到根分區下，那樣根分區就稍大一點。
/swap，內存128-512之間時，分區為內存3倍，1G以下，2倍，1G以上，1倍。
如果只做網關啟用NAT或路由，這個分區可不要，否則會增加讀寫硬碟的操作，不利於速度。
這些分區你可以建在一個硬碟上，剩下的那個硬碟只分一個分區，分區隨便命名，存儲你自己需要的工具或者源文件。或者將來如果想把其他的目錄分離過去時有擴充的空間。
當然也可以把/var 、/usr、/home之類的分區放到第二塊硬碟上，減少對第一塊硬碟讀寫的次數。
一切你認為合理的方式都可以用，即使不合適，也可以隨便調換，linux這點比windows強百倍。