管理對象、存儲方式、調用數據的方式、數據共享性、數據冗餘度和數據不一致性、程序和數據的獨立性、事務支持等區別。
1、管理對象：文件系統的管理對象是文件，而非直接對數據進行管理，不同的數據結構需要使用不同的文件類型進行保存。而資料庫則直接對數據進行存儲和管理。
2、存儲方式：文件系統使用不同的文件將數據分類保存在外部存儲上，如.doc、.mp4、.jpg等。而資料庫系統使用標准統一的數據類型進行數據保存，如字母、數字、符號、時間等。
3、調用數據的方式：文件系統使用不同的軟體打開不同類型的文件，如用Word打開.doc文件，用播放器打開.mp4文件。而資料庫系統由資料庫管理系統（DBMS）統一調用和管理數據。
4、數據共享性：文件系統實現以文件為單位的數據共享，而資料庫系統實現以記錄和欄位為單位的數據共享，這使得資料庫系統具有更高的數據共享性。
5、數據冗餘度和數據不一致性：在文件系統中，數據冗餘度大，容易造成數據的不一致。而在資料庫系統中，數據是面向整個系統，數據可以被多個用戶、多個應用共享使用，從而減少了數據冗餘，也減少了數據不一致的可能性。
6、程序和數據的獨立性：在文件系統中，程序和數據有一定的聯系，當要修改數據的邏輯結構時，必須修改應用程序，修改文件結構的定義，數據和程序之間缺乏獨立性。而在資料庫系統中，通過DBMS的兩級映象實現了數據的物理獨立性和邏輯獨立性，把數據的定義從程序中分離出去，減少了應用程序的維護和修改。
7、事務支持：資料庫系統支持事務，即一系列對數據的操作集合要麼都完成，要麼都不完成。在DBMS上對數據的各種操作都是原子級的。