怎麼用tair網站找序列

⑴ 如何進行青花菜的基因表達與克隆

個體發育的過程實質是不同基因被激活或是被阻遏的過程。在發育的某個階段，某些基因被激活而得到表達，另一些基因則被阻遏或保持阻遏的狀態。對高等動植物，基因的表達與否可通過他的表達產物——蛋白質或轉錄產物mRNA來推測。以前對植物目的基因的克隆主要是通過已知基因產物的分析和鑒定，通過遺傳表型分析或是以圖譜為基礎的定位克隆。國外對青花菜的分子生物學研究比國內要多，研究重點是與青花菜某些基因相關的信號傳導，基因克隆等方面。

Lee B. Smith等利用與擬南芥突變體相關的同源基因對青花菜再生、花的分生組織等進行了研究。認為特殊的等位基因BoCAL-a與花序形態的分離緊密相關，並認為對青花菜凝乳發育重要的兩個位點進行PCR檢測可用於標記選擇。Nigel E. Gapper等（2005年）研究了6-BAP、ACC和蔗糖對青花菜採摘後快速衰老的作用，發現在外源6-BAP存在的情況下，在乙烯的生物合成過程中，與其相關的BoACO減少，而同時BoACS有所增加。採摘後在有外源6-BAP的情況下，BoCP5和BoMT1的量減少而BoCAB則保持穩定，另外編碼蔗糖轉運器的基因（BoSUC1和BoSUC2）以及編碼碳水化合物代謝酶的基因（BoINV1和BoHK1）的表達量減少。結果表明，ACC對6-BAP誘導的BoACS表達的提高有抑製作用，而6-BAP對ACC誘導的 BoACO的表達的提高不起作用。最後的結果就是細胞分裂素在延遲衰老過程中起了重要的作用。細胞分裂素對青花菜採摘後衰老的調控是通過抑制乙烯作用或生物合成。這也為碳水化合物的轉運和代謝以及衰老相關的基因的表達提供了一種思路和模型。

國內對於青花菜基因表達的研究主要集中於雄性不育的相關基因方面。張國裕等（2006）對青花菜快速鹼化因子RALF（Rapid Alkalinization Factors）基因進行了研究。他們以一個與甘藍顯性核不育相關的差異表達片段序列為信息探針，在NCBI與TAIR網站資料庫中進行同源EST序列搜索，經人工拼接、RT-PCR克隆與序列分析驗證，獲得了青花菜快速鹼化因子RALF基因的cDNA全長序列，並命名為BoRALFL1（GenBank序列登錄號DQ059310）。該cDNA全長240 bp，編碼79個氨基酸，與電子克隆獲得的序列完全相同。序列分析表明，編碼蛋白存在前導信號肽與多個磷酸化位點，與同源基因RALFL8核酸序列在88bp上有82%的一致性，推導的氨基酸序列在74個氨基酸上存在56%的一致性，不同植物間氨基酸序列N-端差異大，C-端具有較高的保守性。研究表明，RALF是一類多肽激素，不同植物間核酸序列的差異可能暗示了它們是整個RALF多基因家族中的不同成員，進化過程中形成的功能專化性可能造成了成員間的序列差異。然而，目前對RALF的試驗研究還比較膚淺，據對擬南芥RALFL8的組織表達特異性的研究表明，它為花葯高豐度表達，BoRALFL1與RALFL8相似性很高，而且克隆探針來源於與核不育的基因相關。可以推測BoRALFL1與小孢子的發育有關，對BoRALFL1基因的克隆為進一步通過反義或技術研究其在小孢子發育中的具體功能，通過克隆其啟動子調控序列融合GFP或GUS基因，研究其時空表達的特異性奠定了基礎。

另外，張國裕等（2006）還對青花菜雄性不育相關基因BoDHAR進行了相關的研究，同樣以一個與甘藍顯性核不育相關的差異表達片段的序列為信息探針，通過在NCBI與TAIR網站資料庫中進行同源EST序列搜索，經人工拼接RT-PCR克隆與序列分析，獲得了青花菜脫氫抗壞血酸還原酶DHAR（dehydro ascorbate rectase）基因的cDNA與DNA全長序列，命名為BoDHAR，並利用雙鏈接頭介導PCR的染色體步行技術（genomewalking）克隆了其上游644bp的5c端序列，所獲的BoDHAR基因全長1486bp，存在兩個內含子，DNA編碼區序列633bp，編碼210個氨基酸；序列分析表明：BoDHAR與同源基因AT1G1957011cDNA序列有82.13%的一致性，推導的氨基酸序列有79.16%的一致性；編碼的水溶性蛋白存在多個磷酸化位點；5c端上游區存在明顯的轉錄調控序列，半定量RT-PCR結果表明：BoDHAR在可育系花蕾中的表達量明顯高於不育系花蕾，在花葯中的表達明顯高於其他部位。對BoDHAR基因的克隆為進一步通過反義RNA或RNAi技術來研究其具體的功能，通過啟動子序列融合GFP或GUS基因確定其表達的部位與時期及闡明其在雄性不育小孢子發育中的作用提供了依據。

⑵ 求教perl大神，如何編寫程序把擬南芥資料庫中水稻基因組中29個SBP轉錄因子基因的序列下載下來，謝謝啊

首先拿到轉錄因子的基因ID，你既然說是29個我想你已經拿到這29個SBP基因的名字了吧。
然後上 msu的Rice網站 以及 擬南芥的TAIR網站 的ftp下載全體蛋白的序列。
具體：
ftp://ftp.plantbiology.msu.e/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
和
ftp://ftp.plantbiology.msu.e/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.pep
然後根據名字自己提取，這個隨便什麼編程語言都可以做的。

⑶ 怎樣找到基因序列（請告訴詳細步驟）O(∩_∩)O謝謝

NCBI,若有序列號則直接輸入查找。沒有可以通過查找物種以及基因名稱在NCBI中查找。
步驟：1.打開http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez
2. 上方有搜索條，默認為PUBMED,打開下拉菜單，選擇Gene,在右側輸入"基因名稱"AND"物種名稱", 點擊搜索
3. 如基因序列收錄，應該在搜索結果里，找到點擊打開
說的比較簡單，如你沒搜到，可以給我發消息

⑷ 怎麼找擬南芥基因啟動子序列

暈 看到樓上的幾個回答真生氣啊 不懂在這瞎說
上TAIR 查找基因號或者基因名字 進入後進入sequence view 找到想要的基因 選擇ATG上游2000bp左右的鹼基 即是基因的啟動子 如不懂加QQ414181542

⑸ araport11 genome 與tair10有什麼區別

兩者用的基因組序列是一樣的，但是Araport11的基因注釋比TAIR10更多更全一些。

關於Araport11和TAIR10的比較，在Araport11的官網上由說明。

網頁鏈接

⑹ 在tair網站怎麼看一個基因的所有突變體序列

在tair網站怎麼看一個基因的所有突變體序列
突變是生物的基本屬性，在廣義上，突變是指染色體數量、結構及組成等遺傳物質發生多種變化，包括基因突變和染色體畸變。一個基因內部遺傳結構或 DNA 序列的任何改變，而導致的遺傳變化稱為基因突變。其發生變化的范圍很小，所以又稱點突變。染色體的畸變是指由染色體的大段損傷引起的。包括大段染色體的缺失、重復、倒位等。基因突變是重要的生物學現象，它是一切生物變化的根源。連同基因轉移、重組一起提供了推動生物進化的遺傳多變性。

⑺ 如何在tair強下載nced基因的數據

網站是：，http://www.arabidopsis.org/
1、在TAIR主頁，把滑鼠放在工具欄「Tools」標簽下，滑動滑鼠至該標簽彈出列表的「BulkDataRetrieval」處，點擊該標簽。
2、在上一步頁面點擊藍色標簽「Sequences」，進入「」頁面。
3、在上一步頁面的「Locus/」文本框輸入基因號列表，可以以空格分隔基因號，或每行一個基因號。例如「At1g01010At1g01020At1g01030」。
4、在「Dataset」下拉列表中選擇需下載序列的類型。

⑻ 怎樣在TAIR網站下載擬南芥膜結合FAD2的蛋白序列

輸入蛋白名，然後選protein

⑼ Arashare 擬南芥突變體購買步驟

1. Arashare 網址： AraShare科學--服務條款

訂購流程： AraShare科學--使用指南

2. 按照使用指南搜索需要的突變體。

3. 如何確定突變體的插入位點及方向，見使用指南第7條，以SALK 為例:

    SALK 網址-引物設計： T-DNA Primer Design

    SALK網址- T-DNA Express: Arabidopsis Gene Mapping Tool

3.網頁打開後如上圖所示。紅框為基因，箭頭代表方向；藍框為SALK編號，其箭頭的位置即大致在基因中的位置，方向為插入方向，可點擊，點擊後會出詳細信息；紫框為search，將在arashare的SALK編號輸入，對應的Type為T-DNA; 或者輸入基因直接點擊。

4.點擊編號後，如圖。點擊紫框中的Seq，即測序的insertion flank sequence, 通過將seq比對對應基因的基因組序列，再結合上述的圖示，即可知道T-DNA插入的位置和方向。

根據上述引物設計網址，可設計引物。

SALK T-DNA序列為pROK2載體上的，可在網址中找到。

5. Tair網址

    點擊Germplasm,輸入SALK 編號；或者點擊Gene，輸入基因座位號

6.基因座位號中的突變體進入後往下拉即可看見。

7.點擊紫框所示鏈接。

8.框為我們需要的信息。Over！

⑽ 如何使用tair尋找擬南芥突變體，那位大蝦幫幫手啊

直接在主頁右上角的搜索欄里輸入要找的基因，找到後點擊進入，往下翻翻頁面就會看到一堆salk號，那些就是不同插入形式的突變體。