1. 如何用canoco做植物多樣性指數pca二維排序圖
第1步，DGGE圖譜數據的整理
簡單明了些，將Quantityone或者類似分辨匹配後得出的DGGE條帶的相對百分亮度數據整理到excel表格中。格式如下圖，即縱向從上往下為樣品編號，條帶編號則在第一行從左往右，表格中填入對應條帶的相對百分亮度值。比如，條帶3在泳道1中的亮度為0..此表是本人某論文的原始數據的一部分。
第2步，DGGE圖譜數據的導入。
使用Canoco進行相關分析。Canoco在不少論壇，比如普蘭塔等，都有破解版。大家運行的時候只要調整下電腦系統時間到2002年以前即可（最新破解版似乎不需要這么麻煩了）。Canoco不能直接識別excel格式的數據。必須將DGGE圖譜的條帶數據轉化為能識別的.dta後綴的文件才可以進行後續的PCA等相關分析。具體操作如下：在excel表格中，將條帶數據連同樣品編號和條帶編號一起滑鼠選擇，Ctrl + C 拷貝。然後「開始」-「程序」下找到Canoco的子程序WcanoImp，這個子程序是專門導入數據的。程序會彈出如下對話框：
如果你的條帶矩陣數據有很多0值，可以將最後的「Save in Condensed Format」勾上，至於為什麼，沒有太深究。不過不勾上，似乎不影響分析結果。
點擊「Save」，彈出如下對話框：
這個時候，要自己選擇條帶數據矩陣的保存路徑，並給該文件命名。如，我將此文件保存到「PCA教程」文件夾下，命名為spe.dta，注意這個「spe.dta」是我自己打出來的。點擊「保存」，彈出如下對話框：
點擊「OK」，系統會提示你成功生成文件。這個文件就是我們後續PCA分析所需要的Canoco可識別的條帶組成數據。這個spe.dta文件就保存在PCA教程」文件夾下。當然，我們還可以對理化因子數據進行同樣的操作。如果對物種生存環境對生物的影響方面的研究感興趣，可以進行RDA，CCA等分析，這個就需要物種和環境兩個數據矩陣了。
第3步，Canoco進行PCA數據分析。
接下來我們就可以使用Canoco對我們的spe.dta文件記性PCA分析了。
在「開始」-「程序」下找到Canoco for Windows 4.5 (當然你我版本可能不同)。
Close Canoco彈出的小廣告。就進入Canoco的分析界面：
點擊最左邊的符號「」，彈出如下對話框：
我們只有條帶（即物種species）數據，所以只能選擇最上面的「Only species dataavailable」。如果你有物種數據、物種所在環境的理化參數數據或者其他輔助數據，可以選擇對應的選項。不同的選項，後續的操作略有不同，可以進行不同的分析。比如，「Species and environmental data available」，我們可以進行計算不同環境因子對物種組成影響的RDA，CCA等分析。感興趣，可以查閱下文獻。
選擇「下一步」：
「Browse」，瀏覽選擇上步生成的「spe.dta」數據。如下：
然後在「Canoco solution file name」一欄中，將「spe.dta」數據的保存路徑復制過來。舉例，我這次就將下圖的藍色選擇部分復制，然後拷貝到「Canoco solution file name」下面，自己再後面鍵盤敲進去將來要生成的solution文件的名稱，比如PCA.sol，注意後綴一定是.sol。
這一步比較重要。
選擇「下一步」：
選擇「Linear」線性的分析模式下的PCA，「下一步」：
默認，下一步：
如果你的不同條帶數據差異巨大，比如，最大的100，最小的0.1，你可以選擇開平方處理下。默認，下一步：
默認，下一步：
默認，下一步：
選擇「完成」，OK，Canoco分析完成了。彈出如下對話框：
在「文件名」一欄中，敲進去「PCA.con」。如下圖。當然，名字你隨便起，後綴最好是.con。
下面就要看分析結果和繪圖了。
第4步，Canoco PCA數據分析結果及繪圖。
上一步在選擇「保存」後，彈出如下對話框：
選擇「Analyze」對數據進行分析
我們可以看到PCA的大體分析結果，如下圖，我們可以看到第一軸解釋了31.3%的物種組成變化，第二軸解釋了46.9-31.3=15.6%的物種組成。
這個時候該繪圖了！選擇「CanoDraw」按鈕，彈出如下對話框，命名PCA.cdw
然後「保存」。然後就可以輸出圖了，先關掉如下的Canoco小廣告。
我們可以看到這樣的操作界面：
在「Create」菜單下選擇「Scatter plots」—「samples」或者「species」，就可以得到樣點或者物種組成的PCA圖了。