1. 教你如何上傳蛋白質組學原始數據
ProteomeXchange（PX）是一個廣泛使用的蛋白質組學質譜數據存儲平台，包含PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas、jPOST等。接下來，我們將介紹如何將質譜原始數據上傳至PX。
1. 通過ProteomeXchange官網下載並安裝PX Submission tool。這個工具基於Java開發，確保您的計算機已安裝Java。下載後解壓並雙擊px-submission-tool-2.4.13.jar文件啟動工具。工具的詳細操作步驟可參考其官方說明。
2. 首先注冊並登錄賬號。若無賬號，前往ProteomeXchange資料庫官網注冊，登錄後使用該工具。
3. 登錄後，選擇上傳模式，一般選擇Partial Submission。點擊NEXT，確認選擇「是」。界面將顯示上傳所需的信息，這僅作為准備數據的提醒，點擊NEXT繼續。
4. 填寫蛋白組數據的基本信息，包括文章標題、關鍵詞、項目描述、樣品准備方法、數據處理方法和質譜實驗類型。可將文章標題、關鍵詞、摘要和材料與方法填寫即可，注意控制字數。
5. 選擇上傳文件類型，包括search文件和原始數據raw文件。
6. 使用Add Files功能上傳本地文件。
7. 載入所有文件後，系統進行校驗，等待完成。
8. 添加search文件與raw文件之間的關聯，點擊Relation，勾選添加，確保與所有raw文件連接。
9. 填寫樣品和儀器信息，如物種、組織類型、所用質譜儀型號。若列表中無對應選項，選擇Others，通過TermName搜索並選擇後使用。
10. 填入負責人姓名、郵箱和單位地址。跳過大項目信息，若數據不屬於某個大項目。
11. 確認信息，勾選license，提交。系統將自動顯示上傳信息，方便修改和追蹤。
數據上傳完成後，等待審核，審核通過後會收到郵件通知。注意，數據公開需在文章被接收後或收到官網指示。若遇到需要修改原始數據集的情況，僅添加少量額外文件時，無需重新提交整個數據集；若使用PX提交工具且需添加額外RAW和SEARCH文件，則需重新提交。
數據集公開發布後，可在ProteomeCentral上找到。
若需通知數據集已包含在出版物中，可通過ProteomeXchange官網或聯系[email protected]。數據集公開發布政策的例外情況需在特殊情況下申請，最長延期6個月，並需向ProteomeXchange提出正式請求，證明請求的合理性。