⑴ 熱圖展示單細胞轉錄組基因在不同組中表達陽性細胞差異
近日，看到-生信作曲家-發的帖子，展示的內容是單細胞差異基因的圖，是利用熱圖的形式展現的，在一個熱圖上可以展示不同cluster中不同組的基因表達陽性細胞比例，差別一目瞭然，可以同時展示很多的基因。
首先構建作圖數據，我們用最「笨」的辦法吧，分別找出不同細胞類型下，兩組之間（GM， BM）的差異基因，這里設置閾值為0，讓所有基因都保留下來。然後設置需要查看或者展示的基因，分別在各個差異基因文件中提取這些基因的表達數據，我們需要的數據是ptc1和ptc2這兩列，分別對應兩個分組。最後將所有細胞差異基因中提取的數據進行合並就可以作圖。
熱圖的做法很簡單，參考我們之前的系列：
畫熱圖只標注感興趣的基因名稱
熱圖2：分組聚類，讓熱圖分裂
熱圖3：熱圖行列分組信息注釋
熱圖4：ComplexHeatmap畫復雜熱圖行列注釋
我們可以直接用pheatmap來畫，但是區別在於需要將每個基因在細胞中的表達數值顯示在熱圖上，只需要加display_numbers = TRUE參數即可。
最後導出pdf圖片，用AI修飾一下即可。
當然ComplexHeatmap包的Heatmap函數也是適用的。如果需要進行更多的修飾和改造也是可以的。（ 補充：之前的熱圖系列沒有說到一個問題就是ComplexHeatmap做熱圖之後的legend標題的問題，自動顯示的是matrix，而且每畫一次，就在後面加數字，有很多小夥伴有這個疑問。其實在他的參數heatmap_legend_param 中是可以定義標題和legend位置的。 ）
最後修飾修飾成為一個可發表的圖片。
這個熱圖還是挺實用的，有需要示例數據的小夥伴可在我的公眾號《KS科研分享與服務》----聯系作者索取數據，記得在公眾號後台留下您的郵箱！