❶ TCGA資料庫中含有的癌症名稱,簡寫和中文名稱
Abbr 英文名稱 中文名稱
ACC Adrenocortical carcinoma 腎上腺皮質癌
BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌
BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸潤癌
CESC Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma 宮頸鱗癌和腺癌
CHOL Cholangiocarcinoma 膽管癌
COAD Colon adenocarcinoma 結腸癌
COADREAD Colon adenocarcinoma/Rectum adenocarcinoma Esophageal carcinoma 結直腸癌
DLBC Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma 彌漫性大B細胞淋巴瘤
ESCA Esophageal carcinoma 食管癌
FPPP FFPE Pilot Phase II FFPE試點二期
GBM Glioblastoma multiforme 多形成性膠質細胞瘤
GBMLGG Glioma 膠質瘤
HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 頭頸鱗狀細胞癌
KICH Kidney Chromophobe 腎嫌色細胞癌
KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合腎癌
KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 腎透明細胞癌
KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma 腎乳頭狀細胞癌
LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓細胞樣白血病
LGG Brain Lower Grade Glioma 腦低級別膠質瘤
LIHC Liver hepatocellular carcinoma 肝細胞肝癌
LUAD Lung adenocarcinoma 肺腺癌
LUSC Lung squamous cell carcinoma 肺鱗癌
MESO Mesothelioma 間皮瘤
OV Ovarian serous cystadenocarcinoma 卵巢漿液性囊腺癌
PAAD Pancreatic adenocarcinoma 胰腺癌
PCPG Pheochromocytoma and Paraganglioma 嗜鉻細胞瘤和副神經節瘤
PRAD Prostate adenocarcinoma 前列腺癌
READ Rectum adenocarcinoma 直腸腺癌
SARC Sarcoma 肉瘤
SKCM Skin Cutaneous Melanoma 皮膚黑色素瘤
STAD Stomach adenocarcinoma 胃癌
STES Stomach and Esophageal carcinoma 胃和食管癌
TGCT Testicular Germ Cell Tumors 睾丸癌
THCA Thyroid carcinoma 甲狀腺癌
THYM Thymoma 胸腺癌
UCEC Uterine Corpus Endometrial Carcinoma 子宮內膜癌
UCS Uterine Carcinosarcoma 子宮肉瘤
UVM Uveal Melanoma 葡萄膜黑色素瘤
❷ tcga資料庫樣本哪些是腫瘤哪些是正常
答案就在TCGAbarcode,樣本標簽描述了樣本類型,是正常的還是異常的。還是對照組。比如膠質瘤RNAseq的barcode,有174個樣本類似於這個:
TCGA-06-0681-11A-41R-A36H-07
TCGA-06-0649-01B-01R-1849-01
第四個欄位:11A和01B描述的就是樣本類型,1-9是腫瘤,10-19是正常,20-29是對照。A和B我也不知道啥意思。由於TCGAbarcode欄位寬度是嚴格的。因此用substr就可提取
names=colnames(RNAseq_dat)
a=as.numeric(substr(names,14,15))
table(a)
可以看見數據中有5個是正常組織樣本
----------------------
Xena網站(網頁鏈接)有整理好的TCGA數據,包括數據集和樣本表格。樣本表格數據詳細,包含生存期,腫瘤分期分級,突變,亞型等等。
❸ 腦膠質瘤症狀早期症狀有哪些
腦膠質瘤是因為大腦和脊髓膠質細胞癌變所產生的最常見的原發性顱腦惡性腫瘤。其發病率約占顱內腫瘤的35.2%~61.0%,由成膠質細胞衍化而來,具有發病率高、復發率高、死亡率高以及治癒率低的特點。
腦膠質瘤早期的症狀
1、精神異常:位於大腦前部額葉的腦膠質瘤可破壞額葉的精神活動,引起興奮、躁動、憂郁、壓抑、遺忘、虛構等精神異常表現,因此精神異常是腦膠質瘤的常見早期症狀。
2、視力障礙:顱內壓增高時會使眼球靜脈血迴流不暢,導致淤血水腫,損傷眼底視網膜上的視覺細胞,導致視力下降。
3、單側肢體感覺異常:位於腦半球中部的頂葉,該部位腦膠質瘤瘤常會導致單側肢體痛、溫、震動、形體辨別覺減退或消失。
4、嘔吐:由於顱內壓力的增高,致使延髓呼吸中樞受到刺激,從而出現嘔吐,嘔吐多在頭痛之後出現呈噴射狀,一般的頭痛有別於腦膠質瘤疾病引起的頭痛。
5 頭痛:性質多較劇烈,常在清晨發作,有時在睡眠中被痛醒,但起床輕度活動後頭痛就會逐漸緩解或消失,頭痛是所有腦膠質瘤的早期症狀中最典型的。
腦部膠質瘤的臨床症狀可分兩方面,一是顱內壓增高症狀,如頭痛、嘔吐、視力減退、復視、精神症狀等;另一是腫瘤壓迫、浸潤、破壞腦組織所產生的局灶症狀,早期可表現為刺激症狀如局限性癲癇,後期表現為神經功能缺失症狀如癱瘓。
根據其生物學特徵、年齡、性別、好發部位及臨床過程進行分析,在病史及體征基礎上,採用電生理、超聲波、放射性核素、放射學及核磁共振等輔助檢查,定位正確率幾乎是100%,定性診斷正確率可在90%以上。
❹ 【資料庫>>CGGA】CGGA資料庫
CGGA :Chinese Glioma Genome Atlas,中國腦膠質瘤基因組圖譜計劃,發布2000例中國腦膠質瘤樣本的功能基因組學數據。包含詳細數據信息:
參考鏈接:
Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA): A Comprehensive Resource with Functional Genomic Data for Chinese Glioma Patients
❺ 腦膠質瘤幹細胞庫在哪有了幹細胞庫是不是就能治療腦膠質瘤了
膠質瘤幹細胞庫在北京軍區總醫院附屬八一腦科醫院一層專家診室膠質瘤治療中心。
業界專家有戴宜武、秦家振腦膠質瘤生物刀的綜合治療。但手術後的腦膠質瘤組織對患者一生都是非常珍貴,要很及時的將其送至膠質瘤幹細胞庫中。
膠質瘤幹細胞庫被譽為膠質瘤患者的生命銀行,通俗的說就是讓你的膠質瘤組織為你提供自身的特徵——————
❻ 膠質瘤是什麼
神經膠質瘤是一種發生在大腦和脊髓中的腫瘤。神經膠質瘤始於神經細胞周圍的膠狀支持細胞(神經膠質細胞),並幫助它們發揮功能。
三種類型的神經膠質細胞可以產生腫瘤。膠質瘤根據腫瘤中涉及的神經膠質細胞的類型以及腫瘤的遺傳特徵進行分類,這可以幫助預測腫瘤隨時間的變化以及最可能起作用的治療方法。
膠質瘤的類型包括:
星形細胞瘤,包括星形細胞瘤,間變性星形細胞瘤和膠質母細胞瘤
室管膜瘤,包括間變性室管膜瘤,粘膜乳頭狀室管膜瘤和室管膜下瘤
少突神經膠質瘤,包括少突神經膠質瘤,間變性少突神經膠質瘤和間變性少突星形細胞瘤
神經膠質瘤會影響您的大腦功能,並根據其位置和生長速度危及生命。
神經膠質瘤是原發性腦腫瘤的最常見類型之一。
診斷
如果您的初級保健醫生懷疑您患有腦瘤,則可以將您轉介接受過腦和神經系統疾病治療培訓的專家(神經科醫生)。您的醫生可能會建議一些測試和程序,包括:
神經科檢查。在神經科檢查期間,您的醫生可能會檢查您的視力,聽力,平衡,協調,力量和反射。這些區域中的一個或多個區域的問題可能會為您的大腦部分可能受到腦腫瘤影響的線索提供線索。
成像測試。磁共振成像(MRI)通常用於幫助診斷腦腫瘤。在某些情況下,可以在MRI研究期間通過手臂的靜脈注射染料(造影劑),以幫助顯示腦組織的差異。
許多專用的MRI掃描組件(包括功能性MRI,灌注MRI和磁共振波譜)可以幫助您的醫生評估腫瘤並計劃治療方案。
其他成像檢查可能包括計算機斷層掃描(CT)掃描和正電子發射斷層掃描(PET)。
測試以發現您身體其他部位的癌症。為了排除可能從身體其他部位擴散的其他類型的腦部腫瘤,您的醫生可能會建議進行測試和程序,以確定癌症的起源。神經膠質瘤起源於大腦內,而不是從其他地方擴散(轉移)的癌症的結果。
收集並測試異常組織樣本(活檢)。根據神經膠質瘤的位置,可以在治療之前或作為切除腦瘤的手術的一部分,用針進行活檢。
立體定向穿刺活檢可用於難以觸及的區域或大腦內非常敏感的區域中的神經膠質瘤,這些神經膠質瘤可能會因更廣泛的手術而受損。在立體定向針頭活檢期間,您的神經外科醫生會在顱骨上鑽一個小孔。然後將細針插入孔中。通過針取出組織,通常通過CT或MRI掃描進行引導。
然後在顯微鏡下分析活檢樣本,以確定其是癌變還是良性的。
活檢是明確診斷腦腫瘤並給出預後以指導治療決策的唯一方法。基於此信息,專門診斷癌症和其他組織異常的醫生(病理學家)可以確定腦腫瘤的級別或階段。
病理學家還將檢查您的活檢樣品的物理外觀和生長速率(分子診斷)。您的醫生將向您解釋病理學家的發現。這些信息有助於指導您制定治療計劃。
治療
膠質瘤的治療取決於腫瘤的類型,大小,等級和位置,以及您的年齡,總體健康狀況和偏好。
除了去除腫瘤本身的作用外,治療神經膠質瘤還可能需要使用葯物來減輕腫瘤的體征和症狀。
您的醫生可能開了一些類固醇來減少腫脹並緩解大腦受影響區域的壓力。抗癲癇葯可用於控制癲癇發作。
手術
手術切除盡可能多的腫瘤通常是治療大多數類型的神經膠質瘤的第一步。
在某些情況下,神經膠質瘤很小,易於與周圍健康的腦組織分離,這使得徹底手術切除成為可能。在其他情況下,腫瘤無法與周圍組織分開,或者它們位於大腦中的敏感區域附近,因此存在手術風險。在這些情況下,您的醫生會盡可能安全地切除腫瘤。
即使去除一部分腫瘤也可能有助於減輕體征和症狀。
在某些情況下,神經病理學家可能會分析外科醫生取出的組織樣本,並在進行手術時報告結果。該信息有助於外科醫生決定要切除多少組織。
可以使用多種外科手術技術來協助神經外科醫生在切除腫瘤的同時保護盡可能多的健康大腦組織,包括計算機輔助腦外科手術,術中MRI,清醒腦外科手術和激光。例如,在清醒腦外科手術期間,可能會要求您執行一項任務,以確保控制該功能的大腦區域不受損害。
巴特朗菲教授病例三則
❼ 膠質瘤的症狀及護理措施
隨著醫學技術的慢慢發展,現在對腦膠質瘤的診斷已經變得比較容易了。但是,並不是所有患者都能夠在患病的早期及時發現並到醫院接受檢查,而是在腫瘤體積已經很大時才來就診。那麼,下面我們一起了解下膠質瘤的症狀吧。
膠質瘤的症狀
1.頭痛:大約有30%的腦膠質瘤患者表現為頭痛,其中約有70%的人頭痛會逐漸加重。這種頭痛大多沒有特異性,只是呈現間斷性,多位於病變的同側,表現為鈍痛而不是跳痛,有時不容易與緊張性頭痛相鑒別。大腦膠質瘤通常表現為前額的疼痛,而小腦膠質瘤則多表現為枕部和頸部的疼痛。如果腫瘤過大產生高顱壓時,頭痛明顯加重,有時在睡眠時會被疼醒,並在頭部劇烈活動時明顯加重,有時還會伴有惡心和嘔吐。如果顱內高壓持續的時間過長,還會有視力下降的表現。
2.精神改變:大約有15~20%的膠質瘤患者是以精神狀態的改變為首發症狀,主要表現為情緒、人格、認知功能、記憶力等方面的變化。
3.局灶性神經症狀:腫瘤位置的不同還可以引起相應的神經缺失症狀,如肢體的癱瘓、感覺障礙、失語、步態不穩、失讀和失寫等症狀。
4.顱神經症狀:不同的顱神經受損會產生相應的神經症狀,如視力下降、復視、眼球斜視和面癱等。
5.癲癇發作:大約有1/3的腦膠質瘤患者表現為癲癇發作,並且在疾病的發展過程中,發生率增加至50~70%。其中,有一半的癲癇為局限性發作,而另一半為全身性發作。生長緩慢的低級別膠質瘤特別容易引起癲癇發作,而膠質母細胞瘤引起癲癇發作的幾率就很低。
膠質瘤的護理措施
1、對患者要熱情關懷和疏導,做好心理康復工作,消除患者的拒治情緒和絕望心理,提高戰勝疾病的信心,使消極心理狀態轉化積極主動治療的心理狀態,從而增強免疫功能。
2、進食以富含蛋白質且易消化為原則,多吃蔬菜水果,忌食肥甘厚味。這是腦膠質瘤飲食護理的一個方面。
3、保護呼吸道通暢,及時清除分泌物,定時給氧,有條件時可用高壓氧倉給氧。
4、盡量避免咳嗽、噴嚏、干嘔,注意保持大便通暢。
5、對嘔吐嚴重,應注意輸入能量合劑和生脈注射液;長期卧床者,應注意褥瘡護理。
6、放療期間應密切注意患者的病情變化,警惕有無腦水腫和腦疝的發生。
膠質瘤患者適宜吃的食物
1、蘆筍
蘆筍是一種抗癌很好的食物,據北京三博腦科醫院江濤教授稱,蘆筍具有調節機體代謝,提高身體免疫力的功效,在對高血壓、心臟病、白血病、血癌、膠質瘤、等的預防和治療中,具有很強的抑製作用和葯理效應。
蘆筍嫩莖中含有豐富的蛋白質、維生素、礦物質和人體所需的微量元素等,另外蘆筍中含有特有的天門冬醯胺,及多種甾體皂甙物質,對心血管病、水腫、膀胱炎、白血病均有療效,也有抗癌的效果,因此長期食用蘆筍有益脾胃,對人體許多疾病有很好的治療效果。
2、薏米
最新的醫學數據顯示,薏米一種抗癌葯物,初步鑒定,它對癌症的抑制率可達35%以上,尤其對於大腦疾病。薏米還是補身葯用佳品。據最新的醫葯部門化驗分析,薏米含豐富的蛋白質、脂肪、糖類。與豬腳、排骨和雞一起燉,是一種滋補食品。夏天可以用薏米做“冷飲”是很好的消暑健身的清補劑。薏米的種仁和根又能入葯治病。
3、膳食食物
“膳食”纖維主要包含哪些食物,糙米和胚牙精米,以及玉米、小米、大麥、小麥皮(米糠)和麥粉(黑麵包的材料)等膳食纖維之粗糧雜糧雜糧;此外,根菜類和海藻類中食物纖維較多,如牛蒡、胡蘿卜、四季豆、紅豆、豌豆、薯類和裙帶菜等。膳食纖維是植物性成分,植物性食物是膳食纖維的天然食物來源。膳食纖維在蔬菜水果、粗糧雜糧、豆類及菌藻類食物中含量豐富。
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