intact資料庫

A. IDS有許多不同類型的，都指哪些求大神幫助

IDS分類 IDS有許多不同類型的，以下分別列出： ●IDS分類1－Application IDS（應用程序IDS）：應用程序IDS為一些特殊的應用程序發現入侵信號，這些應用程序通常是指那些比較易受攻擊的應用程序，如Web伺服器、資料庫等。有許多原本著眼於操作系統的基於主機的IDS，雖然在默認狀態下並不針對應用程序，但也可以經過訓練，應用於應用程序。例如，KSE（一個基於主機的IDS）可以告訴我們在事件日誌中正在進行的一切，包括事件日誌報告中有關應用程序的輸出內容。應用程序IDS的一個例子是Entercept的Web Server Edition。 ●IDS分類2－Consoles IDS（控制台IDS）：為了使IDS適用於協同環境，分布式IDS代理需要向中心控制台報告信息。現在的許多中心控制台還可以接收其它來源的數據，如其它產商的IDS、防火牆、路由器等。將這些信息綜合在一起就可以呈現出一幅更完整的攻擊圖景。有些控制台還將它們自己的攻擊特徵添加到代理級別的控制台，並提供遠程管理功能。這種IDS產品有Intellitactics Network Security Monitor和Open Esecurity Platform。 ●IDS分類3－File Integrity Checkers（文件完整性檢查器）：當一個系統受到攻擊者的威脅時，它經常會改變某些關鍵文件來提供持續的訪問和預防檢測。通過為關鍵文件附加信息摘要（加密的雜亂信號），就可以定時地檢查文件，查看它們是否被改變，這樣就在某種程度上提供了保證。一旦檢測到了這樣一個變化，完整性檢查器就會發出一個警報。而且，當一個系統已經受到攻擊後，系統管理員也可以使用同樣的方法來確定系統受到危害的程度。以前的文件檢查器在事件發生好久之後才能將入侵檢測出來，是「事後諸葛亮」，最近出現的許多產品能在文件被訪問的同時就進行檢查，可以看做是實時IDS產品了。該類產品有Tripwire和Intact。 ●IDS分類4－Honeypots（蜜罐）：關於蜜罐，前面已經介紹過。蜜罐的例子包括Mantrap和Sting。 ●IDS分類5－Host-based IDS（基於主機的IDS）：這類IDS對多種來源的系統和事件日誌進行監控，發現可疑活動。基於主機的IDS也叫做主機IDS，最適合於檢測那些可以信賴的內部人員的誤用以及已經避開了傳統的檢測方法而滲透到網路中的活動。除了完成類似事件日誌閱讀器的功能，主機IDS還對「事件/日誌/時間」進行簽名分析。許多產品中還包含了啟發式功能。因為主機IDS幾乎是實時工作的，系統的錯誤就可以很快地檢測出來，技術人員和安全人士都非常喜歡它。現在，基於主機的IDS就是指基於伺服器/工作站主機的所有類型的入侵檢測系統。該類產品包括Kane Secure Enterprise和Dragon Squire。 ●IDS分類6－Hybrid IDS（混合IDS）：現代交換網路的結構給入侵檢測操作帶來了一些問題。首先，默認狀態下的交換網路不允許網卡以混雜模式工作，這使傳統網路IDS的安裝非常困難。其次，很高的網路速度意味著很多信息包都會被NIDS所丟棄。Hybrid IDS（混合IDS）正是解決這些問題的一個方案，它將IDS提升了一個層次，組合了網路節點IDS和Host IDS（主機IDS）。雖然這種解決方案覆蓋面極大，但同時要考慮到由此引起的巨大數據量和費用。許多網路只為非常關鍵的伺服器保留混合IDS。有些產商把完成一種以上任務的IDS都叫做Hybrid IDS，實際上這只是為了廣告的效應。混合IDS產品有CentraxICE和RealSecure Server Sensor。 ●IDS分類7－Network IDS（NIDS，網路IDS）：NIDS對所有流經監測代理的網路通信量進行監控，對可疑的異常活動和包含攻擊特徵的活動作出反應。NIDS原本就是帶有IDS過濾器的混合信息包嗅探器，但是近來它們變得更加智能化，可以破譯協議並維護狀態。NIDS存在基於應用程序的產品，只需要安裝到主機上就可應用。NIDS對每個信息包進行攻擊特徵的分析，但是在網路高負載下，還是要丟棄些信息包。網路IDS的產品有SecureNetPro和Snort。 ●IDS分類8－Network Node IDS（NNIDS，網路節點IDS）：有些網路IDS在高速下是不可靠的，裝載之後它們會丟棄很高比例的網路信息包，而且交換網路經常會防礙網路IDS看到混合傳送的信息包。NNIDS將NIDS的功能委託給單獨的主機，從而緩解了高速和交換的問題。雖然NNIDS與個人防火牆功能相似，但它們之間還有區別。對於被歸類為NNIDS的個人防火牆，應該對企圖的連接做分析。例如，不像在許多個人防火牆上發現的「試圖連接到埠xxx」，一個NNIDS會對任何的探測都做特徵分析。另外，NNIDS還會將主機接收到的事件發送到一個中心控制台。NNIDS產品有BlackICE Agent和Tiny CMDS。 ●IDS分類9－Personal Firewall（個人防火牆）：個人防火牆安裝在單獨的系統中，防止不受歡迎的連接，無論是進來的還是出去的，從而保護主機系統。注意不要將它與NNIDS混淆。個人防火牆有ZoneAlarm和Sybergen。 ●IDS分類10－Target-Based IDS（基於目標的IDS）：這是不明確的IDS術語中的一個，對不同的人有不同的意義。可能的一個定義是文件完整性檢查器，而另一個定義則是網路IDS，後者所尋找的只是對那些由於易受攻擊而受到保護的網路所進行的攻擊特徵。後面這個定義的目的是為了提高IDS的速度，因為它不搜尋那些不必要的攻擊。

B. 如何用SQL語句向一個表中插入多行記錄

insert一般是用來給表插入一條指定的列值的，但是，insert還存在另一種形式，可以利用它將一條select語句的結果插入表中。

這就是所謂的insert select，顧名思義，它是由一條insert語句和一條select語句組成的。假如你從另一張表中合並客戶列表到你的Custumers表，不需要每次讀取一行，然後再將它用insert插入，可以如下進行：

insert into Custumer（cust_id,

cust_cintact,

cust_name,

cust_email,

cust_address,

cust_country）

select cust_id,

cust_cintact,

cust_name,

cust_email,

cust_address,

cust_country

from CustNew;

(2)intact資料庫擴展閱讀

insert select中的列名為簡單起見，這個例子在insert和select語句中使用了相同的列名，但是，不一定要求列名匹配。事實上，DBMS甚至不關心select返回的列名，它使用的是列的位置。

因此，select中的第一列（不管其列名）將用來填充表列中的指定的第一個列，第二列將用來填充表列中指定的第二個列，如此等等。

C. 如何使用string資料庫預測蛋白質相互作用

蛋白質相互作用資料庫見下表所示： 資料庫名

BIND

DIP

IntAct

InterDom

MINT

STRING

HPRD

HPID

MPPI
蛋白質相互作用的預測方法很非常多，以下作了簡單的介紹

1) 系統發生譜

這個方法基於如下假定：功能相關的(functionally related)基因，在一組完全測序的基因組中預期同時存在或不存在，這種存在或不存在的模式(pattern)被稱作系統發育譜；如果兩個基因，它們的序列沒有同源性，但它們的系統發育譜一致或相似．可以推斷它們在功能上是相關的。

2

2) 基因鄰接

這個方法的依據是，在細菌基因組中，功能相關的基因緊密連鎖地存在於一個特定區域，構成一個操縱子，這種基因之間的鄰接關系，在物種演化過程種具有保守性，可以作為基因產物之間功能關系的指示。這個方法似乎只能適用於進化早期的結構簡單的微生物。所以在人的蛋白質相互作用預測時不採用這個方法。

3) 基因融合事件

這個方法基於如下假定：由於在物種演化過程中發生了基因融合事件，一個物種的兩個(或多個)相互作用的蛋白，在另一個物種中融合成為一條多肽鏈， 因而基因融合事件可以作為蛋白質功能相關或相互作用的指示。

4) 鏡像樹

這個方法的思想是，功能相關的蛋白質或同一個蛋白的域之間，受功能約束，其進化過程應該保持一致， 即呈現共進化(CO—evolution)特徵，通過構建和比較它們的系統發育樹，如果發現樹的拓撲結構顯示相似性，這種相似的樹被稱作鏡像樹，那麼，可以推測建樹基因的功能是相關的。

5) 突變關聯

物理上相互接觸的蛋白質， 比如處在同一個結構復合物中的蛋白質，其中一個蛋白質在進化過程中累計的殘基變化，通過在另一個蛋白質中發生相應的變化予以補償，這種現象被稱作關聯突變。

6)

序列信號關聯

3

通過檢查實驗上已經證實的相互作用蛋白質對，發現序列特徵信號

(sequence-signatures)在不同對的相互作用蛋白中重復地出現，這一現象被稱作序列信號關聯。利用序列域信號關聯作為相互作用蛋白質的識別指示，可以預測未知功能蛋白與已知蛋白的相互作用，減少直接實驗的搜索空間。

7) 保守的蛋白間相互作用

相互作用的蛋白質在物種演化過程中具有保守性，因此，可以通過在一個物種中建立的蛋白質相互作用網路，預測其它物種的蛋白質間相互作用。這是後基因組時代產生的一個分子進化概念，使人們聯想到直系同源基因（orthologs）和平行同源基因(paralogs)兩個概念。Walhout首先提出了」interologs」這個新概念,後由Matthews等利用酵母雙雜交法分析了1195個釀酒酵母相互作用蛋白在線蟲(C.elegans)中的保守性,獲得了

16%-31%線蟲保守相互作用蛋白，它們主要集中在核心代謝過程（core metabolic processes）並預期隨著親緣關系的遠近，保守性作相應變化。

8) 同源結構復合物

設想三維結構已知的蛋白質復合物，各自的同家族成員以同樣的方式發生相互作用.

9) 進化速率關聯

蛋白質的進化速率由這個蛋白質同其它蛋白質發生相互作用的數量決定，並呈負相關，即相互作用的數量越多進化速率越低，而不是通常設想的蛋白質的進化速率由這個蛋白質對機體的重要性決定，這是一個極重要的概念。Fraser等13Ol利用一組實驗上證實的酵母相互作用蛋白，量化分析了進化速率、適合度(fitness)和序列共進化(sequence CO—evolution)之間的關系；統計分析顯示，在酵母蛋白質相互作用網路中，連接點越多的蛋白質進化速率進化越低，可能的原因是，這些蛋白質需要與更多的相互作用伴體(partner)共進化。

10) 共鳴識別模型MRRM預測蛋白質相互作用

從蛋白質一級結構預測蛋白質相互作用，它假設生物分子(包括蛋白質和DNA)之間的相互作用是通過共鳴能量的傳遞來實現的，RRM恰當地引入了一些蛋白質的物理參數，並且運用了信號分析方法(Digital Signal Analysis，DSP)使得對於蛋白質和基因的分析脫離了局部性。

11) 通過Domain相互作用來預測蛋白質相互作用

Domain是蛋白質最小的功能單元，它們之間的相互作用一定程度上就決定了蛋白質之間的相互作用。按照這個方法將所有的氨基酸序列進行聚類，如果類與類之間的相互作用的序列對的個數超過了一定閾值，則表示與兩個類的代表序列同源的蛋白質之間都可能會發生相互作用。

12) 根據蛋白結構來預測蛋白相互作用

Lappe等人認為，雖然蛋白質之間的相互作用並不能直接用作預測，但是在結構上相似的蛋白質將有可能具有相似的功能，至少會給出一定的功能提示。分類的原則可按照SCOP給出的層次進行，分類方法是將已知序列的蛋白質相互作用對分別與SCOP的典型結構進行匹配，使之對應到每一個類中。預測已知與其他蛋白相互作用關系的蛋白的序列結構可以列出該蛋白結構組成的最大可能情況。

D. MySQL如何復製表中的一條記錄並插入

1、打開navicat軟體，打開要復製表的資料庫，如下圖所示：

E. 什麼是「人胎腦文庫」及

Bax Inhibitor�1與Herp的相互作用

中國生物工程雜志China Biotechnology, 2005, 25(11):16～20
李斌元1何淑雅1**王桂良1馬雲1肖衛純1李潔1
孫春麗1閔凌峰1虞佳1Nanbert Zhong2
（1 南華大學生物化學與分子生物學研究室衡陽4210012 紐約州立基礎研究所人類遺傳研究室紐約NY10314）

摘要應用酵母雙雜交技術篩選Herp的相互作用蛋白。構建編碼Herp的基因HERPUD1真核表達載體HERPUD1�plexA，應用MATCHMAKER LexA酵母雙雜交系統篩選人胎腦cDNA文庫，獲得的陽性克隆的插入子為Herp的候選相互作用蛋白質，將Herp與篩選到的相互作用蛋白再一對一回復進行酵母雙雜交實驗，去除假陽性。對陽性克隆插入子的DNA序列測序，在GenBank中作匹配及生物信息學分析。結果得到其中1個陽性克隆的插入子序列與TEGT基因序列一致，編碼蛋白為Bax inhibitor�1。得出結論：Herp與Bax inhibitor�1相互作用，Bax inhibitor�1具有調節凋亡特性，提示Herp可能參與凋亡調節。
關鍵詞神經病學神經元蠟樣脂褐質沉積症蛋白質相互作用酵母雙雜交Herp
Bax inhibitor�1

收稿日期：2005�05�17修回日期：2005�07�22
*國家自然科學基金資助項目（30370795）
** 通訊作者，電子信箱：[email protected]神經元蠟樣脂褐質沉積症 (neuronal ceroid lipofuscinoses, NCLs)是一組人類進行性神經元變性疾病，多為常染色體隱性遺傳。臨床上以快速的視力惡化、癲癇發作、進行性智力障礙、運動失調和行為變化為主要特徵〔1〕。NCLs至少可分為10種疾病亞型。共同病理特徵主要為溶酶體內蠟樣脂褐質以顆粒狀、曲線狀、指紋狀、直線狀和混合狀樣沉積，導致以神經細胞和視網膜細胞為主的細胞凋亡。細胞中溶酶體水解酶出現生化異常，線粒體ATP酶的亞基C在多型NCLs中顯著沉積，另外，在沉積的脂褐質中還可以發現磷脂、中性脂質、2�磷酸多萜醇低聚糖和其他物質，包括金屬和蛋白質等〔2〕。根據溶酶體蛋白酶基因缺陷和結構蛋白的功能失調〔3〕，這組神經變性疾病被認為是一種新的溶酶體脂褐質沉積疾病。目前，已經鑒定了6個致病基因（CLN1~3，5，6，8），所致疾病分別為NCL1~3，5，6，8〔4,5〕。CLN3編碼的Battenin蛋白被認為是跨膜蛋白〔6,7〕。Battenin存在於溶酶體和線粒體中，其功能尚不清楚。Zhong等〔8~10〕研究發現Herp能與Battenin相互作用，Herp是定位於內質網的高半胱氨酸應答的類似泛素的區域構件蛋白1，編碼該蛋白的基因為HERPUD1，其主要功能也不清楚。
本研究採用MATCHMAKER LexA 雙雜交系統（MATCHMAKER LexA Two�Hybrid System），以基因HERPUD1的編碼序列（coding sequence）為誘餌（t），從人胎腦cDNA文庫篩選與Herp有相互作用的蛋白質，以研究Herp的功能，探討編碼該蛋白的基因HERPUD1的調節機制，為研究NCLs發病的分子機理提供依據。
1材料與方法1.1材料
胎腦MATCHMAKER LexA cDNA文庫，MATCHMAKER LexA酵母雙雜交系統,酵母SD培養基，SD/�Trp培養基,SD/�Ura, SD/�Ura/His, SD/�Ura/�His�Trp , SD/�Ura/His�Trp/�Leu培養基，X�α�gal等購自Clontech公司；半乳糖(Gal)，棉子糖(Raf)，醋酸鋰等購自Sigma公司； QIAGEN Plasmid Mega Kit 購自 QIAGEN公司；kc8大腸桿菌,EGY48（p8op�lacZ），HERPUD1基因序列由美國紐約州立發育不全研究所Nanbert Zhong博士惠贈，其它化學試劑均為國內購買。測序公司為上海生工生物工程技術服務有限公司。
1.2方法
1.2.1誘餌質粒pLexA�HERPUD1的構建PCR擴增HERPUD1編碼區，正反向引物分別為5′�TTCGAATTC
ATGGAGTCCGAGACCGAACC�3′, 5′�GGTGAATTCGTT
TGCGATGGCTGGGGGGCCTTC�3′，HERPUD1插入T載體，T� HERPUD1與pLexA分別用EcoRI酶切，低熔點瓊脂糖回收目的帶，用T4 DNA連接酶將HERPUD1插入pLexA。用pLexA的5′和3′端載體臂引物測序，證實插入子HERPUD1讀碼框正確、無鹼基突變。
1.2.2人胎腦文庫擴增及質粒DNA的提取Human Fetail Brain MATCHMAKER cDNA文庫構建於pB42AD質粒載體，文庫獨立克隆數（cfu）是3.5×106。根據滴度和獨立克隆數計算所需文庫原始菌液體積和鋪皿個數。液體培養液（Amp+）稀釋文庫原始菌液，鋪於150mm的LB皿（Amp+），共鋪皿80個。37℃培養12h，根據克隆的生長數計算文庫滴度。每皿加LB培養液10ml，刮下菌落，收集於錐形瓶中。用QIANGEN Plasmid Mega Kit 抽提質粒，置-20℃保存待用。
1.2.3誘餌質粒的毒性和自激活性檢測採用小規模共轉化法，Bait質粒（pLexA�HERPUD1）與pB42AD共轉EGY48（p8op�LacZ），鋪於SD�HTU+X�α�gal皿，30℃倒置培養4~6d。如Bait有毒性則無菌落生長，有自激活性，則菌落成藍色，否則為白色。
1.2.4Bait質粒+EGY48（p8op�LacZ）融合菌株的建立小量分步轉化法將已經構建的Bait質粒pLexA�HERPUD1全部轉化EGY48（p8op�LacZ）儲備待用。
2005, 25(11)李斌元 等：Bax Inhibitor�1與Herp的相互作用
中國生物工程雜志 China Biotechnology Vol.25 No.11 2005
1.2.5文庫的轉化與篩選制備酵母菌（已經轉化pLexA�HERPUD1表達質粒）感受態，醋酸鋰法轉入文庫質粒,鋪於SD /� Ura/�His�Trp，培養 4～6d。刮取菌液鋪於SD/� Ura/�His/�Trp/�Leu/Raf/Gal，培養4～6d，X�gal濾膜分析克隆變為藍色者初步認為是陽性克隆（設為pB42AD�Y）。
1.2.6陽性克隆質粒的分離抽提陽性酵母克隆質粒，電轉化至大腸桿菌kc8中，在M9/Amp+/Trp�培養基上篩選分離得到靶質粒。
1.2.7重建Herp和相互作用蛋白的相互關系消除假陽性按相互作用重建陽性和陰性對照的4組合：（1）pLexA�HERPUD1+pB42AD�Y；（2）pB42AD�Y自激活性檢測：pLexA + pB42AD�Y ；（3）相互作用陽性對照pLexA�Pos+ pB42AD�T；（4）相互作用陰性對照pLexA�Lam+pB42AD。初步驗證其相互作用，其中再次變藍色者進行測序。
1.2.8相互作用蛋白基因Y的DNA測序和生物信息學分析以pB42AD的5′端和3′端載體臂引物測序，對重建相互作用仍為陽性的pB42AD�Y測序，測序結果在互聯網上與NCBI GenBank，EMBL等生物信息資料庫做BLAST分析，應用GCG軟體分析可能的閱讀框。
2結果2.1誘餌質粒的驗證
pLexA�HERPUD1轉化大腸桿菌DH5α培養後提取質粒，對質粒進行PCR擴增，產生約925bp的條帶（圖1），經EcoRI酶切，也產生約925bp的條帶（圖2）。
圖1pLexA�HERPUD1 PCR產物電泳圖
Fig. 1Electrophoretic map of PCR proct
of pLexA�HERPUD 1
1: Proct of PCR; M: 200bp DNA step ladder DNA marker
圖2pLexA�HERPUD1經EcoRI酶切產物電泳圖
Fig. 2Electrophoretic map of proct of
pLexA�HERPUD 1 by EcoRI digestion
M：Lambda DNA/EcoRI+HindIII marker；1: pLexA�HERPUD1；
2: pLexA；3: Proct of pLexA�HERPUD1 digested by EcoRI
pLexA�HERPUD1測序結果證實誘餌質粒的插入子無突變、閱讀框正確。測序結果見圖3。
2.2陽性克隆的DNA測序及生物信息學分析
對反復檢測Leu和LacZ 2個報告基因呈陽性表達的1個相互作用蛋白克隆DNA測序，測序獲得680bp序列（圖4），在GenBank做BLAST分析，發現與TEGT基因的序列一致，GCG軟體分析編碼區讀框正確，TEGT基因編碼蛋白為Bax inhibitor�1，生物信息學分析Bax inhibitor�1是一種基因增強轉錄因子，與BCL2和BCL�X相互作用，調節細胞凋亡。圖3pLexA�HERPUD1融合質粒部分序列
Fig. 3Partial sequence of pLexA�HERPUD1 fusion plasmid
圖4從人胎腦cDNA文庫篩選得到的一個陽性克隆質粒的插入子DNA部分測序結果
Fig. 4Partial sequencing result of one positive clone screened from the human fetal cDNA library
3討論NCLs是一組致死性疾病，目前尚無有效的治療方法。了解CLN基因及其編碼蛋白的功能，對闡明病理、遺傳及發病的分子機制具有重要意義。目前已知NCLs至少由8種不同的基因（CLN1～8）發生突變引起。青少年型（JNCL，NCL3）的致病基因為CLN3。CLN3編碼蛋白Battenin位於溶酶體膜，為溶酶體必需的膜糖蛋白，參與哺乳動物細胞溶酶體pH的調節並且具有營養神經作用〔11〕。Herp是Battenin的相互作用蛋白質，Sai等〔12〕發現Herp與早老素（presenilin）相互作用，增加澱粉β蛋白（amyloid beta�protein，Abeta）的退化，說明Herp與細胞生長發育相關，因此研究Herp的功能對闡明NCLs的發病機理有重要意義。
體內許多生化反應及代謝過程都存在蛋白質與蛋白質之間的相互作用，蛋白質之間的互作在生命過程中起著極其重要的作用，本研究應用酵母雙雜交體系篩選得到一個與Herp相互作用的蛋白——Bax inhibitor�1，經查閱相互作用蛋白資料庫IntAct和DIP，發現它是一種新的Herp互作蛋白。Chae等〔13〕研究發現Bax inhibitor�1調節與內質網應激相關的凋亡途徑，在內質網誘導的凋亡中通過抑制Bax活化和線粒體移位介導保護、穩定線粒體膜電壓，抑制Caspase活化。Bax inhibitor�1是一個進化保守的內質網蛋白，是一種凋亡調節因子，與BCL2（B細胞淋巴瘤/白血病�2）和BCL�X （B細胞淋巴瘤/白血病�X）相互作用，BCL2和BCL�X這2種基因是凋亡相關基因，Herp能與Bax inhibitor�1相互作用，提示Herp與凋亡調節相關。NCLs是一種神經元退行性病變，Herp、Bax inhibitor�1、BCL2、BCL�X在NCLs的發病過程中通過相互協調或拮抗促進神經細胞凋亡或死亡，但其中具體機制，如基因表達調控網路、細胞信號傳導通路的改變、細胞離子的具體變化等機制仍需進一步探索。參考文獻
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Screening and Bioinformatic Analysis of the Proteins Interacting With Herp

LI Bin�yuan1HE Shu�ya1WANG Gui�liang1MA Yun1XIAO Wei�chun1
LI Jie1SUN Chun�li1MIN Ling�feng1YU Jia1Nanbert Zhong2
(1 Department of Biochemistry and Molecular Biology, Nanhua UniversityHengyang421001, China)
(2 Department of Human Genetics, New York State Institute for Basic ResearchNew YorkNY10314, USA )

AbstractThe aim is to screen the interactive proteins of Herp by yeast two hybrid system. The eukaryotic expression vector,pLexA HERPUD1, was constructed, MATCHMAKER LexA was used to screen the human fetal cDNA library, and the inserts of positive clones were regarded as the candidate interactive proteins of Herp. The yeast two hybrid was repeated to screen the proteins and remove the false positive clones. One positive inserted fragment is accordant with the sequence of TEGT which codes Bax inhibitor�1. Herp interacts with Bax inhibitor�1 with the characteristic of regulating apoptosis, hinting that Herp is involved in regulating apoptosis.
Key wordsNeurologyNeuronal ceroid lipofuscinosesProtein interactionYeast two hybrid systemHerpBax inhibitor�1

F. 網上的生物信息學資源都有哪些

生物信息資源簡介

生物信息（bioinformatics）中的「信息（-informatics）」指的是從海量的數據中進行挖掘，從而得到知識的過程，如下圖所示。在這個過程中，會涉及到數據的管理，數據的運算，數據挖掘和建模模擬。其中，數據管理部分主要是資料庫（database），數據的運算部分主要是指各種生物信息的軟體（software tools）。這兩部分是生物信息研究非常重要的資源，也是生信入門需要了解的基礎知識。下面簡要介紹一下這些資源。（本文根據北京大學生物信息學公開課程視頻整理，圖片來自視頻截圖）

根據不同的特點，可以把這些資源分成不同的類別。比如根據數據性質可以將database分為原始數據（Original data）資料庫和二級數據（Secondary data）資料庫。再比如根據軟體是獨立的工具還是網路伺服器，可以將software tools分為standalone programs和web servers。
根據發布者的類別可以分為centralized resources和indivial resources。比較大的centralized resources主要有NCBI（National Center for Biotechnology Information）， EBI（European Bioinformatics Institute）和UCSC（University of California Santa Cruz）Genome Browser。下面將分別介紹這三個最大的資料庫以及其他的生物信息學數據資源。

1．NCBI簡介
NCBI-Genome Database：
存儲了目前絕大多數的被測序出來的基因組，目前有1000+基因組被測序出來。
NCBI-Nucleotide/protein (RefSeq):
將不同的版本作了整合之後的參考序列。其中NM_*表示核酸序列，NP_*表示蛋白序列。其中核酸給出了ID號，名稱，物種，特徵，編碼區，序列等信息。蛋白還給出了功能區間信息。
NCBI-Gene：
以基因為單位，整合了pathway、variations、phenotype等信息。
對於Human genes而言，GeneCards比NCBI有更好的對人類基因、蛋白的注釋（表達、相互作用、同源蛋白、功能、遺傳變異等）。
NCBI-SRA
新一代測序技術的短序列database，每5個月數據就會翻倍。
NCBI-Taxonomy
把所有至少有一個基因被測序過的物種做的物種分類樹，在所有被描述過的物種中有10%被測序過。
NCBI-PubMed
用於查閱文獻。
NCBI-MeSH
（Medical Subject Heading）controlled vocabulary used for indexing articles for PubMed 結構化的詞庫。
NCBI-My NCBI
對於感興趣的關鍵詞，在NBCI設定之後，每周會推送相關文獻，對於項目中跟蹤文獻非常有用。
NCBI-BLAST
NCBI最著名的工具，關於BLAST的兩篇文章已經被引用了四萬兩千多次。不同版本的BLAST包括：
Online：NCBI-BLAST
Standalone：BLAST+
Embedded in webpage：wwwblast

2. EBI簡介
EBI中的一些資源如表中所示：

EBI-Ensembl：
介於NCBI和UCSC之間的資源，整合很多物種的不同的資源。Ensembl中數量的類型包括：

EBI-UniProtKB
The Universal Protein Resource (UniProt) is a comprehensive resource for protein sequence and annotation data.
（The UniProt Knowledgebase (UniProtKB) is the central hub for the collection of functional information on proteins, with accurate, consistent and rich annotation. ）
UniProtKB -Swiss-Prot（已經過人工校對）
UniProtKB -TrEMBL（無人工校對）

EBI-IntAct
分子之間相互作用
EBI-Clustal Omega
多序列比對
EBI-InterProScan
輸入一個序列，看是否包含目前已經知道功能的蛋白的區域

3 UCSC簡介
以基因組為坐標。包含很多的track，包括：SNP，mRNA，剪切的EST，沒剪切的EST，高通量的，通過Chi

G. GBase 8a資料庫通過LOAD方式載入時，如果出現功能報錯，如何排查

前提參數設置
// 默認值是3，這個是session級別的，無需恢復
gbase> set gcluster_log_level=7;
Query OK, 0 rows affected (Elapsed: 00:00:00.00)
// 默認值是0，建議先show一下原始值，排查完了記得改回去。
gbase> set global gbase_sql_trace_level=15;
Query OK, 0 rows affected (Elapsed: 00:00:00.12)
// 默認值是0，這個是session級別，無需恢復
gbase> set gbase_sql_trace=1;
Query OK, 0 rows affected (Elapsed: 00:00:00.01)
執行語句
gbase> load data infile 『ftp://gbase:[email protected]/t1.txt』 into table testdb.t1;
Query OK, 4 rows affected (Elapsed: 00:00:00.35)
Task 394392 finished, Loaded 4 records, Skipped 0 records
查看日誌
/opt/gbase/gcluster/log/gcluster/express.log
# SQL處於check permission狀態
# 獲得表的鎖
# 如果長時間無法拿到鎖，通過gcadmin showlock 看看對應的表的鎖在哪個節點哪個ID持有
2019-07-03 15:02:41.352 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:acquired WRITE lock: testdb.t1580D5F90-B287-4199-B057-E6FBD44B5BFA, lwp:35693
2019-07-03 15:02:41.352 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:acquired READ lock: testdb.t1, lwp:35693
2019-07-03 15:02:41.353 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:acquired READ lock: testdb.t1.rsync, lwp:35693

# 讀取數據源ftp文件信息
# 檢查資料庫和FTP之間的性能問題，包括網路和FTP伺服器的設置
2019-07-03 15:02:41.354 [LOAD][INFO ][S:2108][Q:13221]:Start cluster load
2019-07-03 15:02:41.358 == Information : Trying 192.168.163.100...
2019-07-03 15:02:41.362 == Information : Connected to 192.168.163.100 (192.168.163.100) port 21 (#0)
2019-07-03 15:02:41.370 <= Recv header : 220 (vsFTPd 3.0.2)
2019-07-03 15:02:41.371 => Send header : USER gbase
2019-07-03 15:02:41.371 <= Recv header : 331 Please specify the password.
2019-07-03 15:02:41.371 => Send header : PASS gbase1234
2019-07-03 15:02:41.419 <= Recv header : 230 Login successful.
2019-07-03 15:02:41.419 => Send header : PWD
2019-07-03 15:02:41.419 <= Recv header : 257 "/home/gbase"
2019-07-03 15:02:41.419 == Information : Entry path is '/home/gbase'
2019-07-03 15:02:41.419 => Send header : TYPE I
2019-07-03 15:02:41.419 == Information : ftp_perform ends with SECONDARY: 0
2019-07-03 15:02:41.420 <= Recv header : 200 Switching to Binary mode.
2019-07-03 15:02:41.420 => Send header : SIZE t1.txt
2019-07-03 15:02:41.420 <= Recv header : 213 8
2019-07-03 15:02:41.420 => Send header : REST 0
2019-07-03 15:02:41.420 <= Recv header : 350 Restart position accepted (0).
2019-07-03 15:02:41.421 == Information : Remembering we are in dir ""
2019-07-03 15:02:41.421 == Information : Connection #0 to host 192.168.163.100 left intact
2019-07-03 15:02:41.422 == Information : Trying 192.168.163.100...
2019-07-03 15:02:41.422 == Information : Connected to 192.168.163.100 (192.168.163.100) port 21 (#0)
2019-07-03 15:02:41.424 <= Recv header : 220 (vsFTPd 3.0.2)
2019-07-03 15:02:41.424 => Send header : USER gbase
2019-07-03 15:02:41.425 <= Recv header : 331 Please specify the password.
2019-07-03 15:02:41.425 => Send header : PASS gbase1234
2019-07-03 15:02:41.465 <= Recv header : 230 Login successful.
2019-07-03 15:02:41.465 => Send header : PWD
2019-07-03 15:02:41.465 <= Recv header : 257 "/home/gbase"
2019-07-03 15:02:41.465 == Information : Entry path is '/home/gbase'
2019-07-03 15:02:41.465 => Send header : TYPE I
2019-07-03 15:02:41.465 == Information : ftp_perform ends with SECONDARY: 0
2019-07-03 15:02:41.465 <= Recv header : 200 Switching to Binary mode.
2019-07-03 15:02:41.465 => Send header : SIZE t1_2.txt
2019-07-03 15:02:41.466 <= Recv header : 213 8
2019-07-03 15:02:41.466 => Send header : REST 0
2019-07-03 15:02:41.466 <= Recv header : 350 Restart position accepted (0).
2019-07-03 15:02:41.466 == Information : Remembering we are in dir ""
2019-07-03 15:02:41.466 == Information : Connection #0 to host 192.168.163.100 left intact

#准備分派任務
2019-07-03 15:02:41.467 [LOAD][INFO ][S:2108][Q:13221]:AddNodeLoadFileNum host[::ffff:192.168.163.101]add num [1].
2019-07-03 15:02:41.474 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:unlocked: testdb.t1
2019-07-03 15:02:41.474 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:acquired WRITE lock: testdb.t16ef6f8a9-87f0-4d6c-8043-899367d02df3, lwp:35693
2019-07-03 15:02:41.475 [LOAD][INFO ][S:2108][Q:13221]:AddNodeLoadFileNum cur node state:[ip:::ffff:192.168.163.100:num:0][ip:::ffff:192.168.163.101:num:1].

# 此時SQL已經在loading狀態，
# 開始下發任務。一般是某個節點性能導致，或者數據非常傾斜。
# a) 可以測試從每個資料庫的數據節點，用ftp直接獲取數據文件的性能
# 比如 curl ftp://XXXXX/XX.csv > 1.txt
# 多跑幾次，看看哪個節點比較慢
# b) 排查機器的內存是否出現SWAP, 操作系統/var/log/messages是否有磁碟報錯
# c) 查看CPUINFO是否有異常降頻
# d) 用top、iotop、nmon等工具觀察一段時間系統資源，是否有資源緊張
#
2019-07-03 15:02:41.476 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:set scn = 395447.
2019-07-03 15:02:41.521 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:LOAD DATA INFILE 'ftp://gbase:*********@192.168.163.100/t1.txt#offset=0&length=8&firstblock&ffsize=8,ftp://gbase:*********@192.168.163.100/t1_2.txt#offset=0&length=8&firstblock&ffsize=8' INTO TABLE `testdb`.`t1_n1` DATA_FORMAT 3 FILE_FORMAT UNDEFINED HOST '::ffff:192.168.163.101' CURRENT_TIMESTAMP 1562137361 SCN_NUMBER 395447 GCLUSTER_PORT 5258 INTO SERVER (HOST '::ffff:192.168.163.100, ::ffff:192.168.163.101', PORT '5050', USER 'root', DATABASE 'testdb', TABLE 't1_n1, t1_n2', COMMENT 'table_host 0 1 0 # 1 0 1, scn 395447, group -1').
2019-07-03 15:02:42.004 [LOAD][INFO ][S:2108][Q:13221]:ReceNodeLoadFileNum host[::ffff:192.168.163.100] rece num [0].
2019-07-03 15:02:42.004 [LOAD][INFO ][S:2108][Q:13221]:ReceNodeLoadFileNum host[::ffff:192.168.163.101] rece num [1].
2019-07-03 15:02:42.004 [LOAD][INFO ][S:2108][Q:13221]:ReceNodeLoadFileNum cur node state:[ip:::ffff:192.168.163.100:num:0][ip:::ffff:192.168.163.101:num:0].
2019-07-03 15:02:42.004 [LOAD][INFO ][S:2108][Q:13221]:Task 395447 finished, Loaded 8 records, Skipped 0 records

# 拿到排它鎖，要切換版本了。
2019-07-03 15:02:42.008 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:acquired WRITE lock: testdb.t1.09B5BEEC-1EF7-4FA6-9850-C4217A781E0F, lwp:35693

# 設置SCN
2019-07-03 15:02:42.008 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:SET SELF SCN = 395447.
2019-07-03 15:02:42.009 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.100, SQL:SET SELF SCN = 395447.
2019-07-03 15:02:42.009 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.100, SQL:SET SELF SCN = 395447.
2019-07-03 15:02:42.009 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:SET SELF SCN = 395447.

# 以指定的SCN來刷新數據
2019-07-03 15:02:42.011 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.100, SQL:flush commit "testdb"."t1_n1" scn_number 395447.
2019-07-03 15:02:42.011 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.100, SQL:flush commit "testdb"."t1_n2" scn_number 395447.
2019-07-03 15:02:42.019 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:flush commit "testdb"."t1_n2" scn_number 395447.
2019-07-03 15:02:42.055 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:flush commit "testdb"."t1_n1" scn_number 395447.

# 驗證SCN
2019-07-03 15:02:42.060 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:select scn from information_schema.tables where table_schema = 'testdb' and table_name = 't1_n1'.
2019-07-03 15:02:42.061 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.100, SQL:select scn from information_schema.tables where table_schema = 'testdb' and table_name = 't1_n1'.
2019-07-03 15:02:42.061 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.100, SQL:select scn from information_schema.tables where table_schema = 'testdb' and table_name = 't1_n2'.
2019-07-03 15:02:42.061 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:select scn from information_schema.tables where table_schema = 'testdb' and table_name = 't1_n2'.
2019-07-03 15:02:42.063 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:set autocommit=1.
2019-07-03 15:02:42.063 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.100, SQL:set autocommit=1.
2019-07-03 15:02:42.063 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.100, SQL:set autocommit=1.
2019-07-03 15:02:42.063 [SQLDISP][INFO ][S:2108][Q:13221]:Target:::ffff:192.168.163.101, SQL:set autocommit=1.

# SQL處於commit階段 或者 rollback階段
# 提交commit成功
2019-07-03 15:02:42.067 [COMMIT][INFO ][S:2108][Q:13221]:commit table(testdb.t1) success for scn:395447.
2019-07-03 15:02:42.068 [LOAD][INFO ][S:2108][Q:13221]:successful to cluster load

# 釋放鎖
2019-07-03 15:02:42.068 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:unlocked: testdb
2019-07-03 15:02:42.069 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:unlocked: testdb.t1.09B5BEEC-1EF7-4FA6-9850-C4217A781E0F
2019-07-03 15:02:42.070 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:unlocked: testdb.t1.rsync
2019-07-03 15:02:42.071 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:unlocked: testdb.t1580D5F90-B287-4199-B057-E6FBD44B5BFA
2019-07-03 15:02:42.072 [LOCK][INFO ][S:2108][Q:13221]:unlocked: testdb.t16ef6f8a9-87f0-4d6c-8043-899367d02df3