A. 求助:NT和NR資料庫的詳細介紹和區別
原理很簡單後者是前者的子集。chromosome只包含所有已經測序的基因組數據。估計你的序列可能只是在高等生物中保守,所以才會出現選擇chromosome資料庫時相似數量下降非常多。 在做BLAST的時候,我們通常需要根據不同的目的選擇不同的資料庫。
B. 轉錄測序中的nr,nt,swissprot,cog,kegg,go分別是什麼意思
NR庫屬於非冗餘蛋白序列資料庫,是NCBI官方的蛋白序列資料庫,數據來源於GenPept、SwissProt、PIR、PDF、PDB以及NCBI RefSeq,是默認的蛋白比對資料庫。
NT資料庫是美國國家生物技術信息中心NCBI官方的核酸序列資料庫,NT庫屬於非冗餘核酸序列資料庫,數據來源於GenBank、EMBL 以及 DDBJ,是NCBI默認的核酸blast比對資料庫。
SwissProt資料庫是檢查過的、手工注釋的蛋白資料庫,我們將Unigene注釋到SwissProt資料庫,以得到更加高質量的注釋結果。
COG (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和單細胞真核生物的直系同源物,KOG(clusters of euKaryotic Orthologous Groups)資料庫包含了7個完整基因組的真核生物的直系同源家族蛋白, 構成每個 KOG 的蛋白集是被假定為來自於一個祖先蛋白,根據系統發生進行分類,一般COG指原核生物,KOG指真核生物,KOG與COG提供了相似的基因同源物的分類信息。
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是處理基因組、生物通路、疾病、葯物和化學物質之間聯系的集成資料庫。 KEGG用於生物信息研究等,包括基因組,代謝組學等其他組學的數據分析,涵蓋了Drug Development(葯物開發)、 Cellular Processes(細胞過程)、 Environmental Information Processing(環境信息處理)、Genetic Information Processing(遺傳信息處理)、 Human Diseases(人類疾病), Metabolism(代謝)、 Organismal Systems(有機系統)等方面。
GO( Gene Ontology ): 基因本體。生物技術的發展迅速,數據越來越多,不同資料庫命名標准不統一,為了解決不同的生物學資料庫可能會使用不同的術語的問題,從而基因本體聯合會(Gene Onotology Consortium)開發GO來描述基因在分子、細胞和組織水平的功能體現。GO的基本描述單元是GO terms。GO主要包括三個分支: 生物過程(biological processes)、分子功能(molecular function)和細胞組成(cellular components),用於描述基因產物的功能。GO中使用了is_a、part_of和regulates三種互作關系。
C. 轉錄組數據分析時為什麼要將nr資料庫比對到unigene
簡單地說, 高通量測序時,在晶元上的每個反應,會讀出一條序列,是比較短的,叫read,它們是原始數據; 有很多reads通過片段重疊,能夠組裝成一個更大的片段,稱為contig; 多個contigs通過片段重疊,組成一個更長的scaffold; 一個contig被組
D. 亞馬遜NR是什麼意思
這個的意思是新品榜,就是那些剛上的產品,銷量還可以一般都會出現在新品榜。不過新品榜只顯示某個類目下的前100名。
亞馬遜公司(Amazon,簡稱亞馬遜。NASDAQ,AMZN),是美國最大的一家網路電子商務公司,位於華盛頓州的西雅圖。是網路上最早開始經營電子商務的公司之一,亞馬遜成立於1994年,一開始只經營網路的書籍銷售業務,現在則擴及了范圍相當廣的其他產品,已成為全球商品品種最多的網上零售商和全球第二大互聯網企業,在公司名下,也包括了AlexaInternet、a9、lab126、和互聯網電影資料庫(Internet Movie Database,IMDB)等子公司。亞馬遜及其它銷售商為客戶提供數百萬種獨特的全新、翻新及二手商品,如圖書、影視、音樂和游戲、數碼下載、電子和電腦、家居園藝用品、玩具、嬰幼兒用品、食品、服飾、鞋類和珠寶、健康和個人護理用品、體育及戶外用品、玩具、汽車及工業產品等。2004年8月,亞馬遜全資收購卓越網。2019年7月18日,亞馬遜停止為亞馬遜中國網站上的第三方賣家提供賣家服務。2021年7月,傑夫·貝索斯正式卸任亞馬遜首席執行官,由安迪·賈西繼任。
E. Nr注釋是什麼意思
NR是NCBI下的一個蛋白質的資料庫,集合了許多其他資料庫中的蛋白質的注釋信息。
F. ncbi database nr 什麼意思
nr是以下這些資料庫的並集:
All non-rendant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples from WGS projects
G. 轉錄組差異基因表達的nr注釋是什麼意思
NR是一個資料庫,是NCBI中蛋白質資料庫,集合了許多其他資料庫中的蛋白質的注釋信息。差異基因注釋簡單來說就是把有表達差異的Unigene的物種、分子功能、生物學途徑等等信息通過從資料庫中比對,得到的結果。
H. asp數據查詢count(*)問題,請教
使用模糊查詢
select xinx from 表名(不是庫名) where xinx like '%2%'or xinx like '%3%' or xinx like '%23'
count 是統計個數的.不能用在這.
mysql下通過.不知你用的什麼,sql語句差不多吧,不行的話,照這個思路請你查查資料.
I. 用blastn能在nr/nt資料庫中檢索到多少條與之同源的序列
ncbi主頁 進入 blast 進入 nucleotide blast 將序列粘入窗口中 選擇nucleotide cllection(nr/nt)選項 進行比對就可以了 出來的序列相似性最高的就是你的目的序列