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如何分析geo資料庫gff文件

發布時間:2021-03-15 12:28:12

A. 如何對GEO資料庫中已有的數據進行分析

差異表達基因的篩選(閥值)以及後面的生物信息分析都可以做的。

差異表達基因篩選步驟:選擇GEO數據——下載晶元數據——差異分析(方法有很多:SAM法,R包處理,T-test檢驗等)——選擇想要的閾值(Fold change >4)

B. geodatabase文件怎麼查看

朋友,你的意思是將Access地理資料庫轉換為sql server企業資料庫吧? 在ArcCatalog中可以將企業級地理資料庫轉出為filegeodatabase或personalgeodatabase,但反過來只能導入其中的單個要素類、表和柵格數據集。所以說直接轉是不行的,只能依次導入單個要素類後再將sql server地理資料庫導出為mdf文件。

C. 怎樣利用geo資料庫中的臨床數據

ncbigeo資料庫怎麼使用CDS(CodingSequence)特徵域被認為是DNA生成蛋白質的翻譯指令,利用CDS特徵域構建外顯子-內含子資料庫(Exon-IntronDatabase,EID)是研究內含子起源、進化和功能的重要手段

D. 如何使用geo資料庫分析基因表達與預後的關系

在NCBI的GEO資料庫中,系列(series)中matrix目錄下的GSExxx_series_matrix.txt.gz文件,其中的數據是什麼含義。是不是別人已經標准化好的數據(而且是log2處理過的),我可以用來直接求倍數然後看錶達差異?
GSExxx_series_matrix.txt.gz數據格式和樓主的數據截圖類似,差別在於列標題,樓主的列標題是GSMxxxxxx.CEL,而從GEO下載的GSExxx_series_matrix.txt.gz的數據,列標題是GSMxxxxxx,無「.CEL」。

ID_REF GSM413894 GSM413895 GSM413896 GSM413897 GSM413898 GSM413899 GSM413900 GSM413901
AFFX-BioB-3_at 8.472861 7.58379 7.726437 7.808923 8.604332 8.60782 8.343771 8.628157
AFFX-BioB-5_at 8.65537 7.696443 7.996466 7.719412 8.770542 8.652599 8.404749 8.911979
AFFX-BioB-M_at 8.813823 7.890245 8.127718 8.306655 9.011187 8.91993 8.566244 9.06862
AFFX-BioC-3_at 9.633732 9.024885 9.136383 9.120244 10.2995 10.15661 10.00954 10.25113
AFFX-BioC-5_at 9.756588 9.118516 9.137075 9.544678 9.945514 9.793713 9.544567 9.861975
AFFX-BioDn-3_at 12.0726 11.67344 11.62215 11.9874 12.16764 11.97144 11.81811 12.0963

E. 除了R之外,什麼生物學軟體可以讀取GEO資料庫裡面.CEL格式的文件

PERL

F. 如何分析GEO資料庫中某一疾病的差異基因

除了文獻以外,也可以考慮OMIM資料庫omim這個資料庫的宗旨就是收集疾病及其相關基因的信息的。不過可能存在的問題就是對於疾病的劃分比較系統詳盡,不是說輸入個糖尿病就直接出來一個列表,它對疾病進行了更進一步的分類,需要你仔細看一看,而且對於疾病的描述是很詳盡的,不只是簡單一個列表,需要你仔細讀完,然後才能了解到底有什麼相關基因。不過好處就是相當於簡化了你找綜述得步驟,而且相對比較全面。

G. ncbi geo資料庫怎麼使用

ncbigeo資料庫怎麼使用CDS(CodingSequence)特徵域被認為是DNA生成蛋白質的翻譯指令,利用CDS特徵域構專建外顯子-內含子資料庫(Exon-IntronDatabase,EID)是研究屬內含子起源、進化和功能的重要手段

H. 如何在GEO資料庫中找到需要的數據

假設這組數據在A1:A100這個區域 ,公式:
=INDEX(A:A,INT(RAND()*100)+1)

或者:
=OFFSET(A1,INT(RAND()*100),)

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