A. 求助:NT和NR数据库的详细介绍和区别
原理很简单后者是前者的子集。chromosome只包含所有已经测序的基因组数据。估计你的序列可能只是在高等生物中保守,所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多。 在做BLAST的时候,我们通常需要根据不同的目的选择不同的数据库。
B. 转录测序中的nr,nt,swissprot,cog,kegg,go分别是什么意思
NR库属于非冗余蛋白序列数据库,是NCBI官方的蛋白序列数据库,数据来源于GenPept、SwissProt、PIR、PDF、PDB以及NCBI RefSeq,是默认的蛋白比对数据库。
NT数据库是美国国家生物技术信息中心NCBI官方的核酸序列数据库,NT库属于非冗余核酸序列数据库,数据来源于GenBank、EMBL 以及 DDBJ,是NCBI默认的核酸blast比对数据库。
SwissProt数据库是检查过的、手工注释的蛋白数据库,我们将Unigene注释到SwissProt数据库,以得到更加高质量的注释结果。
COG (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和单细胞真核生物的直系同源物,KOG(clusters of euKaryotic Orthologous Groups)数据库包含了7个完整基因组的真核生物的直系同源家族蛋白, 构成每个 KOG 的蛋白集是被假定为来自于一个祖先蛋白,根据系统发生进行分类,一般COG指原核生物,KOG指真核生物,KOG与COG提供了相似的基因同源物的分类信息。
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是处理基因组、生物通路、疾病、药物和化学物质之间联系的集成数据库。 KEGG用于生物信息研究等,包括基因组,代谢组学等其他组学的数据分析,涵盖了Drug Development(药物开发)、 Cellular Processes(细胞过程)、 Environmental Information Processing(环境信息处理)、Genetic Information Processing(遗传信息处理)、 Human Diseases(人类疾病), Metabolism(代谢)、 Organismal Systems(有机系统)等方面。
GO( Gene Ontology ): 基因本体。生物技术的发展迅速,数据越来越多,不同数据库命名标准不统一,为了解决不同的生物学数据库可能会使用不同的术语的问题,从而基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)开发GO来描述基因在分子、细胞和组织水平的功能体现。GO的基本描述单元是GO terms。GO主要包括三个分支: 生物过程(biological processes)、分子功能(molecular function)和细胞组成(cellular components),用于描述基因产物的功能。GO中使用了is_a、part_of和regulates三种互作关系。
C. 转录组数据分析时为什么要将nr数据库比对到unigene
简单地说, 高通量测序时,在芯片上的每个反应,会读出一条序列,是比较短的,叫read,它们是原始数据; 有很多reads通过片段重叠,能够组装成一个更大的片段,称为contig; 多个contigs通过片段重叠,组成一个更长的scaffold; 一个contig被组
D. 亚马逊NR是什么意思
这个的意思是新品榜,就是那些刚上的产品,销量还可以一般都会出现在新品榜。不过新品榜只显示某个类目下的前100名。
亚马逊公司(Amazon,简称亚马逊。NASDAQ,AMZN),是美国最大的一家网络电子商务公司,位于华盛顿州的西雅图。是网络上最早开始经营电子商务的公司之一,亚马逊成立于1994年,一开始只经营网络的书籍销售业务,现在则扩及了范围相当广的其他产品,已成为全球商品品种最多的网上零售商和全球第二大互联网企业,在公司名下,也包括了AlexaInternet、a9、lab126、和互联网电影数据库(Internet Movie Database,IMDB)等子公司。亚马逊及其它销售商为客户提供数百万种独特的全新、翻新及二手商品,如图书、影视、音乐和游戏、数码下载、电子和电脑、家居园艺用品、玩具、婴幼儿用品、食品、服饰、鞋类和珠宝、健康和个人护理用品、体育及户外用品、玩具、汽车及工业产品等。2004年8月,亚马逊全资收购卓越网。2019年7月18日,亚马逊停止为亚马逊中国网站上的第三方卖家提供卖家服务。2021年7月,杰夫·贝索斯正式卸任亚马逊首席执行官,由安迪·贾西继任。
E. Nr注释是什么意思
NR是NCBI下的一个蛋白质的数据库,集合了许多其他数据库中的蛋白质的注释信息。
F. ncbi database nr 什么意思
nr是以下这些数据库的并集:
All non-rendant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples from WGS projects
G. 转录组差异基因表达的nr注释是什么意思
NR是一个数据库,是NCBI中蛋白质数据库,集合了许多其他数据库中的蛋白质的注释信息。差异基因注释简单来说就是把有表达差异的Unigene的物种、分子功能、生物学途径等等信息通过从数据库中比对,得到的结果。
H. asp数据查询count(*)问题,请教
使用模糊查询
select xinx from 表名(不是库名) where xinx like '%2%'or xinx like '%3%' or xinx like '%23'
count 是统计个数的.不能用在这.
mysql下通过.不知你用的什么,sql语句差不多吧,不行的话,照这个思路请你查查资料.
I. 用blastn能在nr/nt数据库中检索到多少条与之同源的序列
ncbi主页 进入 blast 进入 nucleotide blast 将序列粘入窗口中 选择nucleotide cllection(nr/nt)选项 进行比对就可以了 出来的序列相似性最高的就是你的目的序列