❶ 怎么在uniprot中查找非经典分泌
NCBI NCBI下有很多数据库,以下是蛋白质序列PopSet 包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。 Entrez 功能强大,在于它的大多数记录可相互链接,既可在同1数据库内链接,也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时,则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接产生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接,或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是用于序列类似性检索的1个重要数据库,是辨别基因和基因特点的工具。该软件能在15秒内完成全部DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相干度有明确的统计学解释,以便更容易地将相干记录与随机的数据库记录像辨别。在NCBI主页的左工具条中,点击BLAST图标,即进入BLAST主页。 BLAST 主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST2.0是1种新的BLAST检索工具,它在原有基础上作了改进,运行速度更快,灵敏度更高,同时具有Gapped BLAST 和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped BLAST 允许在对准的序列中引入空位(碱基缺失或插入),引入空位(Gaps)意味着在比较两个相干序列时不会出现中断(Break)现象。这些空位对准的记分系统更能反应相干序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific Iterated BALST,即特殊位置重复BLAST,它提供了自动、易用的概貌(Profile)检索,是查找序列同源的有效工具。Dnastar 可以用于解决你踢完的后半个问题
❷ PDB数据库怎么下载蛋白质的二级结构序列
蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多,其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD,详见Uniprot_网络。其他的蛋白数据库有PDB(Protein Data Bank,简称PDB,开始建立于1971年)等。国内也有些如由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护的SDSPB等。
❸ uniprot蛋白质序列数据库由哪几部分组成各有什么特点
将PIR、SWISS-PROT和TrEMBL3个蛋白质数据库统一-起来组建而成,包含3个部分:
(1) UniProt Knowledgebase (UniProtKB) ,这是蛋白回质序列、功能答、分类、交叉引用等蛋白质知识库,记录经过人工筛选和注释;
■ (2) UniRef ( UniProt Non-rendant Reference )
数据库,将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中,以便提高搜索速度;目前,根据序列相似程度形成3个子库,即UniRef100、UniRef90和UniRef50;
■ (3) UniParc (UniProt Archive),是UniProt存档库 ,
收录所有蛋白质序列。用户可以通过文本查询数据库,可以利用BLAST程序搜索数据库,也可以直接通过FTP下载数据。
❹ uniprot数据库怎么打不开
估计被墙了 别人在境外的告诉我可以登
❺ uniprot 数据 是否有统计 信息
NCBI NCBI下有很多数据库,以下是蛋白质序列PopSet 包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。 Entrez 功能强大,在于它的大多数记录可相互链接,既可在同1数据库内链接,也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时,则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。
❻ 1. 简述SRS数据库检索系统主要特点,与UniProt数据库有哪些异同
同学啊!!自己总结吧!!哈哈~~~总结好了群里共享啊 ~~~
❼ 如何在uniprot数据库中查找某个蛋白序列
NCBI
NCBI下有很多数据库,以下是蛋白质序列PopSet
包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。
Entrez
功能强大,在于它的大多数记录可相互链接,既可在同1数据库内链接,也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时,则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接产生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接,或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。BLAST(Basic
Local
Alignment
Search
Tool)是用于序列类似性检索的1个重要数据库,是辨别基因和基因特点的工具。该软件能在15秒内完成全部DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相干度有明确的统计学解释,以便更容易地将相干记录与随机的数据库记录像辨别。在NCBI主页的左工具条中,点击BLAST图标,即进入BLAST主页。
BLAST
主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST2.0是1种新的BLAST检索工具,它在原有基础上作了改进,运行速度更快,灵敏度更高,同时具有Gapped
BLAST
和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped
BLAST
允许在对准的序列中引入空位(碱基缺失或插入),引入空位(Gaps)意味着在比较两个相干序列时不会出现中断(Break)现象。这些空位对准的记分系统更能反应相干序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific
Iterated
BALST,即特殊位置重复BLAST,它提供了自动、易用的概貌(Profile)检索,是查找序列同源的有效工具。Dnastar
可以用于解决你踢完的后半个问题
❽ 为什么在uniprot中一个ID会对应到PDB数据库中的多个ID
连接字符串?不同数据库不一样,这个不需要看懂,拷贝过来改一下就可以了。