导航:首页 > 编程大全 > 如何分析geo数据库gff文件

如何分析geo数据库gff文件

发布时间:2021-03-15 12:28:12

A. 如何对GEO数据库中已有的数据进行分析

差异表达基因的筛选(阀值)以及后面的生物信息分析都可以做的。

差异表达基因筛选步骤:选择GEO数据——下载芯片数据——差异分析(方法有很多:SAM法,R包处理,T-test检验等)——选择想要的阈值(Fold change >4)

B. geodatabase文件怎么查看

朋友,你的意思是将Access地理数据库转换为sql server企业数据库吧? 在ArcCatalog中可以将企业级地理数据库转出为filegeodatabase或personalgeodatabase,但反过来只能导入其中的单个要素类、表和栅格数据集。所以说直接转是不行的,只能依次导入单个要素类后再将sql server地理数据库导出为mdf文件。

C. 怎样利用geo数据库中的临床数据

ncbigeo数据库怎么使用CDS(CodingSequence)特征域被认为是DNA生成蛋白质的翻译指令,利用CDS特征域构建外显子-内含子数据库(Exon-IntronDatabase,EID)是研究内含子起源、进化和功能的重要手段

D. 如何使用geo数据库分析基因表达与预后的关系

在NCBI的GEO数据库中,系列(series)中matrix目录下的GSExxx_series_matrix.txt.gz文件,其中的数据是什么含义。是不是别人已经标准化好的数据(而且是log2处理过的),我可以用来直接求倍数然后看表达差异?
GSExxx_series_matrix.txt.gz数据格式和楼主的数据截图类似,差别在于列标题,楼主的列标题是GSMxxxxxx.CEL,而从GEO下载的GSExxx_series_matrix.txt.gz的数据,列标题是GSMxxxxxx,无“.CEL”。

ID_REF GSM413894 GSM413895 GSM413896 GSM413897 GSM413898 GSM413899 GSM413900 GSM413901
AFFX-BioB-3_at 8.472861 7.58379 7.726437 7.808923 8.604332 8.60782 8.343771 8.628157
AFFX-BioB-5_at 8.65537 7.696443 7.996466 7.719412 8.770542 8.652599 8.404749 8.911979
AFFX-BioB-M_at 8.813823 7.890245 8.127718 8.306655 9.011187 8.91993 8.566244 9.06862
AFFX-BioC-3_at 9.633732 9.024885 9.136383 9.120244 10.2995 10.15661 10.00954 10.25113
AFFX-BioC-5_at 9.756588 9.118516 9.137075 9.544678 9.945514 9.793713 9.544567 9.861975
AFFX-BioDn-3_at 12.0726 11.67344 11.62215 11.9874 12.16764 11.97144 11.81811 12.0963

E. 除了R之外,什么生物学软件可以读取GEO数据库里面.CEL格式的文件

PERL

F. 如何分析GEO数据库中某一疾病的差异基因

除了文献以外,也可以考虑OMIM数据库omim这个数据库的宗旨就是收集疾病及其相关基因的信息的。不过可能存在的问题就是对于疾病的划分比较系统详尽,不是说输入个糖尿病就直接出来一个列表,它对疾病进行了更进一步的分类,需要你仔细看一看,而且对于疾病的描述是很详尽的,不只是简单一个列表,需要你仔细读完,然后才能了解到底有什么相关基因。不过好处就是相当于简化了你找综述得步骤,而且相对比较全面。

G. ncbi geo数据库怎么使用

ncbigeo数据库怎么使用CDS(CodingSequence)特征域被认为是DNA生成蛋白质的翻译指令,利用CDS特征域构专建外显子-内含子数据库(Exon-IntronDatabase,EID)是研究属内含子起源、进化和功能的重要手段

H. 如何在GEO数据库中找到需要的数据

假设这组数据在A1:A100这个区域 ,公式:
=INDEX(A:A,INT(RAND()*100)+1)

或者:
=OFFSET(A1,INT(RAND()*100),)

阅读全文

与如何分析geo数据库gff文件相关的资料

热点内容
win10下qq傳送不了文件 浏览:379
编程代码j代表什么 浏览:71
dedecms导入sql文件 浏览:551
什么网站可以下载源文 浏览:511
aix文件操作命令 浏览:260
虚拟机数据库多大够用 浏览:359
用友软件如何找回账套数据 浏览:964
怎样变换文件存储格式 浏览:208
飞常准的数据来自哪里 浏览:844
ug100如何编程画线 浏览:870
文件夹999找不到 浏览:145
win1014393最新版本号 浏览:100
java基本类型大小 浏览:516
word2007不能插入页码 浏览:968
vb读取文件并判断 浏览:6
php图片和程序分离 浏览:412
安卓面试非计算机专业 浏览:228
u盘的光盘文件怎么驱动 浏览:34
如何锁定c盘不下文件 浏览:359
浙江推广网站建设怎么做 浏览:478

友情链接